<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Todias,<br>
    <br>
    it's hard to diagnose this without seeing the files. Could you
    please send me relevant files so that I can run refinement myself
    and reproduce the crash?<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 4/20/16 22:40, Bock, Tobias wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:050F7C11C05B2043804E78E99B7B8F97DB268BC5@Exchange03.helmholtz-hzi.de"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
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        medium)">
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      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="DE">Dear
            colleagues,<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D" lang="DE"><o:p>�</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I am trying to
            refine a protein-DNA complex. In this structure, 2 DNA
            double strands are present with 50% occupancy (or similar
            occupancy�s) and overlap at certain positions. Phenix.refine
            crashed �due to a nonbonded interaction distance issue. To
            fix that, I tried to exclude the DNA strands using:<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>�</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><b><span style="color:#1F497D">pdb_interpretation
              {<br>
              �custom_nonbonded_symmetry_exclusions="chain E"<br>
              �custom_nonbonded_symmetry_exclusions="chain F"<br>
              �}<o:p></o:p></span></b></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>�</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Nevertheless,
            phenix.refine crashed with the same error message. Changing
            the �<b>nonbonded_distance_threshold</b>� works, but results
            in terrible statistics (since this applies for the complete
            structure, I guess). <o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>�</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Is there a way
            to exclude only the DNA strands (in regard to the clash
            guard) or a similar approach to refine the structure?<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>�</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Thank you in
            advance for your help,<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p>�</o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">Tobias<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>�</o:p></p>
      </div>
      <br>
      <hr>
      <font color="Gray" size="2" face="Arial"><br>
        Helmholtz-Zentrum f�r Infektionsforschung GmbH | Inhoffenstra�e
        7 | 38124 Braunschweig | <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.helmholtz-hzi.de">www.helmholtz-hzi.de</a><br>
        Das HZI ist seit 2007 zertifiziertes Mitglied im "<b>audit</b>
        beruf<b>und</b>familie"<br>
        50 Jahre Spitzenforschung - 50 Jahre HZI:
        <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="http://www.helmholtz-hzi.de/50">www.helmholtz-hzi.de/50</a><br>
        <br>
        Vorsitzende des Aufsichtsrates: MinDir�in B�rbel Brumme-Bothe,
        Bundesministerium f�r Bildung und Forschung<br>
        Stellvertreter: MinDirig R�diger Eichel, Nieders�chsisches
        Ministerium f�r Wissenschaft und Kultur<br>
        Gesch�ftsf�hrung: Prof. Dr. Dirk Heinz; Franziska Broer<br>
        Gesellschaft mit beschr�nkter Haftung (GmbH)<br>
        Sitz der Gesellschaft: Braunschweig<br>
        Handelsregister: Amtsgericht Braunschweig, HRB 477<br>
      </font>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
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Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>