<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi all -
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I’m having a problem getting phenix.fit_loops to run using the loop library (loop_lib=True). The phenix.fit_loops seems to work fine without this keyword (I get a good solution for a test case), but I have 3A density and wanted to restrict solutions
 to the loop library for the poorer density regions. I am running this from the command line, with this input:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
phenix.fit_loops pdb_in=refine_35-delloop1170to1172.pdb mtz_in=refine_35.mtz \</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp;seq_file=KRJmonomer.seq start=1170 end=1172 chain_id=B \</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp;loop_lib=True &gt;&gt; fit_loops-1170to1172-looplibrary.log</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I am using OSX ElCapitan (10.11.3) and get this error:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
File &quot;/Applications/phenix-1.10.1-2155/build/../modules/phenix/phenix/command_line/fit_loops.py&quot;, line 962, in &lt;module&gt;</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; &nbsp; fit_loops=fit_loops(args=sys.argv[1:])</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; File &quot;/Applications/phenix-1.10.1-2155/build/../modules/phenix/phenix/command_line/fit_loops.py&quot;, line 598, in __init__</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; &nbsp; target_time=target_time,</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; File &quot;/Applications/phenix-1.10.1-2155/build/../modules/phenix/phenix/command_line/fit_loops.py&quot;, line 760, in run_fit</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; &nbsp; target_time=target_time,</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; File &quot;/Applications/phenix-1.10.1-2155/modules/phenix/phenix/autosol/UserMethods.py&quot;, line 3671, in Build_fit_gaps</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; &nbsp; starting_residue_number=starting_residue_number)</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; File &quot;/Applications/phenix-1.10.1-2155/modules/phenix/phenix/loop_lib/clustering.py&quot;, line 2063, in apply_clusters</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; &nbsp; d=get_density_map(map_coeffs_array=map_coeffs_array)</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; File &quot;/Applications/phenix-1.10.1-2155/modules/phenix/phenix/utilities/get_density_map.py&quot;, line 54, in __init__</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
&nbsp; &nbsp; assert not map_coeffs_array.anomalous_flag()</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
AssertionError</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The last lines of the log file are:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
Fitting loop with loop-library...</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
loop_lib length (including 3 on each end): 9</div>
<div style="margin: 0px; font-size: 11px; line-height: normal; font-family: Menlo;" class="">
DATABASE:&nbsp; /Applications/phenix-1.10.1-2155/modules/chem_data/loop_library/loops_9_2.5/loop_lib&nbsp; CLUSTER_FILE:&nbsp; split_clusters.pkl.gz</div>
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thanks,</div>
<div class="">Greg</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; line-height: normal; border-spacing: 0px;"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;  ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; " class="">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;  ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; " class="">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px;  ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; " class="">
<br class="">
</div>
</span></div>
</span></div>
</span></span></div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>