<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Chen,<br>
    <br>
    I'm happy to have a closer look at this and try my best to help!
    Could you please send me the current model, data and sequence files?
    Once I have files I will try a things myself and see what's going
    on.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 5/12/16 05:48, chen c wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAJgVf0FuFnhOTcR9LzriJdFdw=68s3NzOATLh9_B8U=TxdfmGQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>Dear all,<br>
          <br>
          I am solving a structure which diffracted to 2.8 angstrom
          resolution and containes 8 molecules (MW:12 kDa) per ASU. It's
          noteworthy that though the model used for molecular
          replacement shares 50% sequence identity with my protein,
          however, severe clashes were found as listed below:<br>
          <br>
          <br>
             Packing Table<br>
             -------------<br>
             Solutions accepted if total number of clashes &lt;= 5% of
          trace atoms<br>
                i.e. total number of clashes &lt;= 32<br>
             AND if number of clashes &lt;= 5% of trace atoms for each
          ensemble<br>
                i.e. ensemble1: number of clashes &lt;= 4<br>
             #    #  #Clash Packs SpaceGroup  Annotation<br>
             1         17    NO   C 2 2 21    ... PAK=11 LLG=802 RFZ=3.8
          TFZ=9.3<br>
          <br>
          <br>
          Only after I changed the packing criteria from 5% to 100%, can
          I get the solution.<br>
          <br>
          Severe clashes and even coincidence of different molecules
          were found as briefly listed below:<br>
          <br>
          Molecule A (C-terminal)  vs Molecule D (N-terminal) of
          neighbouring ASU<br>
          Molecule B (C-terminal)  vs Molecule C (N-terminal)<br>
          Molecule C (C-terminal)  vs Molecule D (C-terminal)<br>
          Molecule E (C-terminal)  vs Molecule G (N-terminal)<br>
          Molecule F (C-terminal)  vs Molecule H (N-terminal)<br>
          Molecule G (C-terminal)  vs Molecule G (C-terminal) of
          neighbouring ASU<br>
          Molecule H (C-terminal)  vs Molecule H (C-terminal) of
          neighbouring ASU<br>
          <br>
          Upon this, I manually rebuild the structure in COOT and
          particularly deleted those coincided atoms.<br>
          Then I refined the structure in phenix. However, all the
          refine gives a bad result, namely, RMSD(angle) at 1.8-2.1,
          RMSD(bond) at 0.015-0.02, The Rwork/Rfree at around 0.28/0.36,
          Ramachandran outlier + Rotamer outlier at around 15-20%. I
          tried a lot of refinement strategy and the current status is :<br>
          <br>
          RMSD(angle)= 1.545, RMSD(bond) = 0.01, Rwork/Rfree = 0.290.36,
          Ramachandran outlier=11.3%,Rotamer outlier =1.5%.<br>
          <br>
          The data set belonged to C2221 and phenix.xtriage analysis
          reflects no twinning or pseudotranslation problem. In
          addition, there are two beta-turns in each molecule which
          displays poor electron density and geometry. And this two loop
          are the very residues which appears in disallowed regions in
          ramachandran diagram apart some other residues. However, these
          residues should have little effect on the R factor considering
          of their low contribution to the overall structure due to
          their poor electron density.<br>
          <br>
          Has anyone has experiences about this? Your help and advice is
          greatly appreciated!<br>
          <br>
          Thank you!</div>
        <div>Chen<br clear="all">
          <br clear="all">
          <br>
          -- <br>
        </div>
        <div class="gmail_signature">Cheng Chen, Ph.D. Candidate<br>
          Laboratory of Structural Biology<br>
          Life Science Building,Tsinghua University<br>
          Beijing 100084<br>
          China<br>
          <a class="moz-txt-link-freetext" href="Tel:+86-10-62772291">Tel:+86-10-62772291</a><br>
          Fax:+86-10-62773145<br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:E-mail%3Achench@xtal.tsinghua.edu.cn"
            target="_blank">E-mail:chench@xtal.tsinghua.edu.cn</a><br>
          <br>
          北京市海淀区清华大学生命科学馆201-212室<br>
          邮编:100084</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>