<div dir="ltr">Hello Luca and Tom<div><br></div><div>Thanks for the clarification.</div><div><br></div><div>And yes I am now able to check the test set with mtzdump.</div><div><br></div><div>Thanks so much.</div><div><br></div><div>Kind regards<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.7272720336914px"><font color="#000000">Sam Tang</font></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><br></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><font color="#000000">Biochemistry Programme, School of Life Sciences, CUHK</font></div><div style="font-size:12.7272720336914px"><br></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 12 May 2016 at 20:20, Terwilliger, Thomas Charles <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov" target="_blank">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi Sam,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Yes, autobuild will read the test set (freeR flags) and use these free R flags and write them out to overall_best_refine_data.mtz.  So yes, the R-values are directly comparable if you refine against the input experimental data or <span style="color:rgb(33,33,33);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;background-color:rgb(255,255,255)">overall_best_refine_data.mtz</span>.
   As Luca mentioned, you could verify this with mtzdump or with:<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>phenix.mtz.dump -c original_data.mtz &gt; original_data.txt<br>
</p>
<p>phenix.mtz.dump -c overall_best_refine_data.mtz &gt; overall_best_refine_data.txt<br>
</p>
<p>​<br>
</p>
<p>All the best,<br>
</p>
<p>Tom T<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div style="color:rgb(33,33,33)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a> &lt;<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>&gt; on behalf of Sam Tang &lt;<a href="mailto:samtys0910@gmail.com" target="_blank">samtys0910@gmail.com</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, May 11, 2016 8:59 PM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] FreeR flags from AutoBuild</font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">
<div>
<div dir="ltr">Dear all
<div><br>
</div>
<div>May I enquire a simple question about AutoBuild - I input an experimental data (ccp4 mtz from Aimless) and a model from Phaser-MR to AutoBuild hoping that some mis-fit flexible regions could be re-build. May I know if the output mtz
<i>overall_best_refine_data.mtz</i> contains the same FreeR flags as in the input, or would AutoBuild generate a new set of FreeR? Or in other words, are the R values directly comparable if I refine against the input experimental data mtz or the overall_best_refine_data.mtz?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks!</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers<br>
<br clear="all">
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div style="font-size:12.7272720336914px"><font color="#000000">Sam Tang</font></div>
<div style="font-size:12.7272720336914px"><br>
</div>
<div style="font-size:12.7272720336914px"><font color="#000000">Biochemistry Programme, School of Life Sciences, CUHK</font></div>
<div style="font-size:12.7272720336914px"><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div></div>