<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Dear Phenix community,
<div><br>
</div>
<div>I was hoping if someone could help me with using Phaser correctly, since I can't seem to produce the desired search model.</div>
<div><br>
</div>
<div>The first thing that I was wondering about is that the CLUSTAL alignment from the log file is quite different to the .aln alignment I made with phenix --&gt; other tools --&gt; multiple sequence alignment. Why is a sequence alignment required as input if sculptor
 performs it's own internally?</div>
<div><br>
</div>
<div>My model sequence aligned &nbsp;to my target sequence in the log file has several gaps in the alignment . For e.g.,</div>
<div><br>
</div>
<div>MASTER &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ......AASFIMV...... &nbsp;</div>
<div>CHAIN_A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;......AKM--MF.......&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>I would like to great a search model in which the residues aligned to gaps in the MASTER chain are included, however the resulting sculptor .pdb file has these residues removed. Shouldn't&nbsp;<span style="font-size: 13.3333px;">they be&nbsp;inserted&nbsp;so that the
 rest of the&nbsp;chain&nbsp;is in the correct register?&nbsp;</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;">If anyone can let me know the parameters to allow this, I would greatly appreciate it. I tried unselecting 'gap' in main-chain&nbsp;deletion&nbsp;scope and some other variations, but this didn't seem to help.&nbsp;</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;">I seem to get the same result even if I change the target index from 1 to 2 in the associated .aln alignment. Does anyone know why this is?</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;">Apologies if this is quite obvious, I have been reading the documentation but can't seem to figure it out.</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;">All the best,</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;">Joseph.</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;">&nbsp;</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><br>
</div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span></div>
<div><span style="font-size: 13.3333px;"><br>
</span>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="margin:0px"><font face="Courier New" size="2"><span lang="en-GB">Joseph Brock |</span><span lang="en-GB">&nbsp;PhD</span><span lang="en-GB"><br>
Division of Physiological Chemistry II</span><span lang="en-GB"><br>
Department of Medical Biochemistry and Biophysics&nbsp;</span><span lang="en-GB"><br>
Karolinska Institutet</span><span lang="en-GB"><br>
Scheeles v�g 2</span><span lang="en-GB"><br>
SE-171 77 Stockholm, Sweden</span></font></div>
<div style="font-family:'Segoe UI',Helvetica,Arial,sans-serif; margin:0px"><font face="Times New Roman,serif"><font face="Calibri,sans-serif" size="2" color="#1F497D">&nbsp;</font></font></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>