<div dir="ltr"><div>Perhaps necessary preface: I am largely learning as I go, and large parts of Phenix (and the details of refinement data file formats) are still black boxes for me.</div><div><br></div>Suppose I have a model of one chain of a complex and an .mtz describing the entire complex. I have performed some refinement procedure altering the model of that single chain.<div><br></div><div>My aim is to determine how this refinement procedure has affected the fit to the experimental data--or, really, the subset of the experimental data expected to be relevant for my model.</div><div><br></div><div>For obvious reasons,</div><div><br></div><div>phenix.model_vs_data chain_A.pdb whole_complex.mtz</div><div><div>phenix.model_vs_data chain_A_refined.pdb whole_complex.mtz</div></div><div><br></div><div>are undesirable: they evaluate the model of a single chain against the whole complex&#39;s data, and there&#39;s obviously a lot of unsatisfied electron density. So, while this command <i>works</i>, it reports an unrepresentative fit. (In theory, one solution to my problem would be to re-combine each chain&#39;s refined version, then run model_vs_data on the recombined, refined complex. I&#39;m interested nonetheless in how it would work on the chains separately.</div><div><br></div><div>Now, during the refinement procedure, we of course generate .ccp4 density maps for the individual chain models:</div><div><br></div><div>phenix.maps chain_A.pdb whole_complex.mtz</div><div><br></div><div>which produces the ccp4 file as well as, crucially, chain_A_map_coeffs.mtz. Attempting to employ that resulting .mtz file, i.e.</div><div><br></div><div><div>phenix.model_vs_data chain_A.pdb whole_complex.mtz</div><div>phenix.model_vs_data chain_A_refined.pdb whole_complex.mtz</div></div><div><br></div><div>leads to an evocative error:¬†Sorry_No_array_of_the_required_type: No reflection arrays available.</div><div><br></div><div>My highest suspicion is that I need to alter maps.params in a particular way so that reflection arrays are also output to model_map_coeffs.mtz. I could also imagine that I need to be using another program entirely!</div><div><br></div><div>Thanks in advance for whatever help you can provide; unfortunately, I can&#39;t provide any input files.</div></div>