<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p><font face="Arial">You might look for the Real space correlation
        coefficient to see if your model fit that particular map better
        than before, but thats probably it.</font></p>
    <p><font face="Arial">There is no subset experimental data just influenced
        by one chain. The whole complex contributes to each measurement
        and vice versa your chain A model contribute to each measurement
        you made to generate the maps. Sorry, but that's it<br>
      </font></p>
    <p><font face="Arial">Christian<br>
      </font></p>
    <div class="moz-cite-prefix">Am 25.05.2016 um 17:31 schrieb Andy
      Watkins:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAKqmowuVHvs+xpj=xqwQWJT90J5b2d2Kc3rqjATxfVaEd3M6-Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>Perhaps necessary preface: I am largely learning as I go,
          and large parts of Phenix (and the details of refinement data
          file formats) are still black boxes for me.</div>
        <div><br>
        </div>
        Suppose I have a model of one chain of a complex and an .mtz
        describing the entire complex. I have performed some refinement
        procedure altering the model of that single chain.
        <div><br>
        </div>
        <div>My aim is to determine how this refinement procedure has
          affected the fit to the experimental data--or, really, the
          subset of the experimental data expected to be relevant for my
          model.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>For obvious reasons,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>phenix.model_vs_data chain_A.pdb whole_complex.mtz</div>
        <div>
          <div>phenix.model_vs_data chain_A_refined.pdb
            whole_complex.mtz</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>are undesirable: they evaluate the model of a single chain
          against the whole complex's data, and there's obviously a lot
          of unsatisfied electron density. So, while this command <i>works</i>,
          it reports an unrepresentative fit. (In theory, one solution
          to my problem would be to re-combine each chain's refined
          version, then run model_vs_data on the recombined, refined
          complex. I'm interested nonetheless in how it would work on
          the chains separately.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Now, during the refinement procedure, we of course generate
          .ccp4 density maps for the individual chain models:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>phenix.maps chain_A.pdb whole_complex.mtz</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>which produces the ccp4 file as well as, crucially,
          chain_A_map_coeffs.mtz. Attempting to employ that resulting
          .mtz file, i.e.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div>phenix.model_vs_data chain_A.pdb whole_complex.mtz</div>
          <div>phenix.model_vs_data chain_A_refined.pdb
            whole_complex.mtz</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>leads to an evocative
          error: Sorry_No_array_of_the_required_type: No reflection
          arrays available.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>My highest suspicion is that I need to alter maps.params in
          a particular way so that reflection arrays are also output to
          model_map_coeffs.mtz. I could also imagine that I need to be
          using another program entirely!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks in advance for whatever help you can provide;
          unfortunately, I can't provide any input files.</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>