<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Hi Andy,</p>
    <blockquote
cite="mid:CAKqmowuVHvs+xpj=xqwQWJT90J5b2d2Kc3rqjATxfVaEd3M6-Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>Suppose I have a model of one chain of a complex and an
          .mtz describing the entire complex. </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I'm struggling making sense of this statement.. MTZ file is just a
    file format to records some data with labels associated with it in a
    binary form to make it easier for machines to handle it. So what
    precisely you mean by ".mtz describing the entire complex"?<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAKqmowuVHvs+xpj=xqwQWJT90J5b2d2Kc3rqjATxfVaEd3M6-Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>I have performed some refinement procedure altering the
          model of that single chain.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>My aim is to determine how this refinement procedure has
          affected the fit to the experimental data--or, really, the
          subset of the experimental data expected to be relevant for my
          model.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Okay. This is what refinement is for. <br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAKqmowuVHvs+xpj=xqwQWJT90J5b2d2Kc3rqjATxfVaEd3M6-Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>For obvious reasons,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>phenix.model_vs_data chain_A.pdb whole_complex.mtz</div>
        <div>
          <div>phenix.model_vs_data chain_A_refined.pdb
            whole_complex.mtz</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>are undesirable: they evaluate the model of a single chain
          against the whole complex's data, and there's obviously a lot
          of unsatisfied electron density. So, while this command <i>works</i>,
          it reports an unrepresentative fit. </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Could you please define "unrepresentative fit" in this context?<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAKqmowuVHvs+xpj=xqwQWJT90J5b2d2Kc3rqjATxfVaEd3M6-Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>(In theory, one solution to my problem would be to
          re-combine each chain's refined version, then run
          model_vs_data on the recombined, refined complex. I'm
          interested nonetheless in how it would work on the chains
          separately.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I guess Fobs would not like this as they include contributions from
    all atoms, as far as I remember from the theory..<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAKqmowuVHvs+xpj=xqwQWJT90J5b2d2Kc3rqjATxfVaEd3M6-Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>Now, during the refinement procedure, we of course generate
          .ccp4 density maps for the individual chain models:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>phenix.maps chain_A.pdb whole_complex.mtz</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Well, this is what it seems *you* do as part of *your* protocol, but
    this is *not* what typical work-flow includes as phenix.refine
    always reports maps upon completion of refinement; so running
    phenix.maps seems to be an unnecessary step in this scenario.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAKqmowuVHvs+xpj=xqwQWJT90J5b2d2Kc3rqjATxfVaEd3M6-Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div>which produces the ccp4 file as well as, crucially,
          chain_A_map_coeffs.mtz. Attempting to employ that resulting
          .mtz file, i.e.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div>phenix.model_vs_data chain_A.pdb whole_complex.mtz</div>
          <div>phenix.model_vs_data chain_A_refined.pdb
            whole_complex.mtz</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>leads to an evocative
          error: Sorry_No_array_of_the_required_type: No reflection
          arrays available.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>My highest suspicion is that I need to alter maps.params in
          a particular way so that reflection arrays are also output to
          model_map_coeffs.mtz. I could also imagine that I need to be
          using another program entirely!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks in advance for whatever help you can provide;
          unfortunately, I can't provide any input files.<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    Hm.. I afraid I'm lost now: model vs data tool is not supposed to
    accept inputs other than original data, Iobs or Fobs, and model
    files.<br>
    <br>
    Cheers,<br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>