
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    <p>Hi Phenix users,</p>

    <p>since I had to answer this very same question off-list three

      times in past 48 hours, I thought I post this for future

      reference...</p>

    <p>Yes, thanks <b>Billy</b> there is a GUI for

      phenix.real_space_refine (tool to refine atomic models against

      maps, such as cryo-EM maps)! To give it a try, you need:</p>

    <p>1) Get the latest nightly build, dev-2427 for instance:</p>

    <p><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi">http://phenix-online.org/download/nightly_builds.cgi</a></p>

    <p>2) Enable alpha-test programs in Phenix GUI. To do this:</p>

    <p>  -- start Phenix GUI;</p>

    <p>  -- go to Preferences and tick "Enable alpha-test programs and

      features" box;</p>

    <p>  -- restart the GUI (close down, then start again);</p>

    <p>  -- phenix.real_space_refine will be available in Refinement

      section on the right (Real-space refinement [alpha]).</p>

    <p>Note, it has a very handy feature to see/explore/edit

      secondary-structure restraints graphically.</p>

    <p>Also note that <b>this is alpha-test version meaning that

        glitches are not unexpected</b>! However your feedback will help

      to improve it, so please let us know should you encounter

      problems, have suggestions or found bug(s)!</p>

    <p>All the best,</p>

    <p>Pavel</p>

    <p><br>

    </p>

  </body>

</html>