<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>Dear all,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; The protein was covalently linked by my ligand and I used JLigand to generate the link record and the .cif file. This file can be used in Refmac successfully. But the .cif file cannot be recognized by phenix.model_vs_data nor phenix.refine. The program runs with the following message:<br><br></div>Sorry: Fatal problems interpreting model file:<br>&nbsp; Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols: 19<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please edit the model file to resolve the problems and/or supply a<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; CIF file with matching restraint definitions, along with<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; apply_cif_modification and apply_cif_link parameter definitions<br><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp; if necessary.<br><br>Any suggestions how to do this would be greatly appreciated.<br>Another question is, how can I generate a restraints file for COOT to do real space refinement? The .cif file is imported in COOT, but when I do real space refinement, the link bond still takes apart.<br><br>Best wishes!<br>Lu<br><br></div><br><br><br><br><div style="position:relative;zoom:1">--<br><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">卢作焜</div><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">南开大学新生物站A202</div><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;"><br></div><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">Lu Zuokun, Ph.D. Candidate</div><div style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: 'Microsoft Yahei', verdana; font-size: 12px; line-height: 19.992000579834px;">College of Life Science, Nankai University</div><div style="clear:both"></div></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><p>&nbsp;</p></span>