<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi Yufan,<br><br></div>MolProbity developer here.  You have asked a very reasonable question.<br><br>The &quot;angle&quot; reported in the C-beta position outliers is a dihedral defined by the residue&#39;s N-CA-idealCB-modeledCB positions.  If you are looking at the markup kinemage, that&#39;s N-CA-purple sphere-modeled CB.  This dihedral indicates the direction of the CB deviation relative to the ideal CB position and the geometry of the residue.  You can imagine the CB deviation in a radial coordinate space, with the ideal position at 0, and the modeled position at some distance and angle.<br><br></div>Generally speaking, the deviation distance is the most intuitive and interpretable measure, but the angle - the angular position of the modeled atom in radial space - may be useful in some applications.  On the MolProbity website, after validating a structure, you can find a &quot;Cbeta deviation scatter plot&quot; that uses this radial representation of CB geometry.<br><br></div>Thanks for the questions, and hope that helps,<br></div>-Christopher Williams<br></div>---Richardson Lab, Duke University<br><div><div><div><div><br><br></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 18, 2016 at 9:35 AM, Yufan Wu <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:y.wu@bioc.uzh.ch" target="_blank">y.wu@bioc.uzh.ch</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Dear all, <div><br></div><div>Anyone knows the definition of “angle” shown in the report of &quot;MolProbity C-beta position outliers” after refinement ? </div><div><br></div><div>It means the bond angle or dihedral angle? Between which atoms or planers? I am just wondering the definition of it.</div><div><br></div><div>Thank you in advance!</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Yufan Wu</div><br><br><div><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="word-wrap:break-word"><div style="line-height:normal;text-align:-webkit-auto;word-wrap:break-word"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#999999">Regards,</font></span></div><div style="line-height:normal;text-align:-webkit-auto;word-wrap:break-word"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#999999"><br></font></span></div><div style="line-height:normal;text-align:-webkit-auto;word-wrap:break-word"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#999999">Yufan Wu</font><br></span></div><div style="line-height:normal;text-align:-webkit-auto;word-wrap:break-word"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse"><font color="#999999">The Plueckthun Lab</font></span></div><div style="text-align:-webkit-auto;word-wrap:break-word"><div><a href="http://www.bioc.uzh.ch/plueckthun" target="_blank">www.bioc.uzh.ch/plueckthun</a></div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;line-height:normal;border-collapse:collapse"><font color="#999999">Phone: <a href="tel:%2B41%2044%20635%205574" value="+41446355574" target="_blank">+41 44 635 5574</a></font></span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br></blockquote></div><br></div>