<div dir="ltr">Please send me the file directly.</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 28, 2016 at 5:52 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Hi,</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>sounds like a bug. Could you please send me PDB file (please send
      to me directly, not entire mailing list)?</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Meanwhile, a quick work-around is to use link_ligands=False (if
      you are using command line) or if using the GUI:</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Refinement settings -&gt; Automatic linking options -&gt; uncheck
      &quot;Link ligands to protein&quot; .</p><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
    <p><br>
    </p>
    <p>Pavel</p></font></span><span class="">
    <p><br>
    </p>
    <br>
    <div>On 7/28/16 05:39, Amber Lee wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      
      <div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
        <p>Dear all, Dear Pavel,</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>I have encountered a problem where a new bond was generated
          between the O of SO4 and O(H) of my ligand (with a glycerol
          head group, I call it glycerol here).
          <br>
        </p>
        <p><br>
        </p>
        <p>As shown in the figure in the Dropbox link below, I have
          placed the glycerol (purple) in the density and it fits well.
          The distance between the O of SO4 and the OH of glycerol was
          2.55 angstrom. After refinement (yellow) however, the glycerol
          was pulled out of density with the distance changed to 1.27
          angstrom, therefore forming a new bond.
          <br>
        </p>
        <p><br>
        </p>
        <p>When hydrogens were added to the glycerol, the glycerol was
          again pulled, forming a C-O bond between SO4 and glycerol. 
          <br>
        </p>
        <p><br>
        </p>
        <p>When the positions (xyz) of the glycerol atoms were fixed,
          the SO4 was pulled towards glycerol, making a O-O bond between
          SO4 and glycerol.
          <br>
        </p>
        <p><br>
        </p>
        <p><span>When the positions of the SO4 and glycerol were both
            fixed during the refinement, the result came out saying the
            bond length was too long between the the O (SO4) and the O
            (glycerol).
            <br>
          </span></p>
        <p><span><br>
          </span></p>
        <p><span><span>Thus I thought Phenix must treated it as a
              covalent bond. </span></span><br>
        </p>
        <p><br>
        </p>
        <p>I have tried Rafmac and it did not do this to the model. The
          cif files etc were the same for Phenix and Rafmac.</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>The problem appeared both on version 1.10-2152 and the latest
          version 1.10.2155.</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>How could I fix this problem?</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>Many thanks,</p>
        <p><br>
        </p>
        <p>Jingyi Hu<br>
        </p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </span></div>

<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a><br></blockquote></div><br></div>