<div dir="ltr">Dear <span style="font-size:12.8px">Huawang,</span><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><div><span style="font-size:12.8px">The tool will automatically recognize most of the labels from Phenix and CCP4 </span></div><div><span style="font-size:12.8px">and convert them to appropriate labels for mmCIF format. If some labels are not recognized,</span></div><div><span style="font-size:12.8px">or another mmCIF labels are needed for them, one may use mtz_labels and </span></div><div><span style="font-size:12.8px">cif_labels parameters to provide pairs of mtz and cif labels. Note that provided</span></div><div><span style="font-size:12.8px">cif_labels must comply with mmCIF format. Number of mtz_labels should be equal</span></div><div><span style="font-size:12.8px">to number of cif_labels.</span></div></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">In command-line, for example:</span></div><div><div style=""><span style="font-size:12.8px">phenix.mtz_as_cif data.mtz output_file=custom.cif mtz_labels=&quot;FOBS SIGFOBS&quot; </span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">      cif_labels=&quot;_refln.custom1 _refln.custom2&quot;</span></div></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">Or you can put these instructions in .eff file.</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">Basically, mtz_labels and cif_labels are just white-space separated lists. In this example FOBS will become _refln.custom1 and SIGFOBS will become _refln.custom2.</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">To find out what labels you have in mtz file you may use phenix.mtz.dump utility.</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">Also note, that this functionality is available in GUI: Utilities-&gt; Convert MTZ to mmCIF.</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">Hope this helps,</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">Best regards,</span></div><div style=""><span style="font-size:12.8px">Oleg Sobolev.</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 25, 2016 at 11:58 AM, Huanwang Yang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hyang@rcsb.rutgers.edu" target="_blank">hyang@rcsb.rutgers.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Dear Oleg,<br>
      <br>
      Thank you so much for your help.<br>
      In the parameter file, what should I give to the labels below<span class=""><br>
      <br>
      <div><span style="font-size:12.8px">  mtz_labels = None</span></div>
      <div><span style="font-size:12.8px">  cif_labels = None</span></div>
      <br></span>
      Could you provide an simple example for them? Thanks a lot.<br>
      <br>
      Best,<br>
      Huawang<span class=""><br>
      <br>
      <br>
      On 08/25/2016 01:49 PM, Oleg Sobolev wrote:<br>
    </span></div><span class="">
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">
        <div><span style="font-size:12.8px"><br>
          </span></div>
        <div><span style="font-size:12.8px">Please find some about
            phenix.mtz_as_cif usage below. In the next nightly build it
            will be displayed if you run the tool without arguments.
            Please let me know if you need additional information.</span></div>
        <div><span style="font-size:12.8px"><br>
          </span></div>
        <div><span style="font-size:12.8px">Best regards,</span></div>
        <div><span style="font-size:12.8px">Oleg Sobolev.</span></div>
        <div><span style="font-size:12.8px"><br>
          </span></div>
        <div>
          <div><span style="font-size:12.8px">phenix.mtz_as_cif:
              Convert mtz to CIF format.</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">Usage:
              phenix.mtz_as_cif data.mtz [params.eff] [options ...]</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px"><br>
            </span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">Usage examples:</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px"> 
              phenix.mtz_as_cif data.mtz</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px"><br>
            </span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-------------------</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">mtz_as_cif {</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">  mtz_file = None</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">  output_file =
              None</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">  mtz_labels =
              None</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">  cif_labels =
              None</span></div>
          <div><span style="font-size:12.8px">}</span></div>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </span></div>

</blockquote></div><br></div>