<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Anna,<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:BLUPR0701MB17162796B9CCEB4C88CF34E69CCD0@BLUPR0701MB1716.namprd07.prod.outlook.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper" style="color: rgb(0, 0, 0);
        font-family: Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:
        12pt; background-color: rgb(255, 255, 255);">
        <p><span id="ms-rterangepaste-start"></span></p>
        <span lang="EN-US"><font face="Calibri">Iím working on the
            refinement of a protein mutated with an unnatural amino acid
            that contains one bromine atom. This particular amino acid
            is present as two rotamers. Iíve managed to introduce and do
            refinements with these two unnatural, brominated rotamers in
            Phenix, but the problem is that when shooting the protein
            with X-rays about 30-40% of the bromine atoms get knocked
            off. This means that the sum of the occupancies for the
            bromine atoms of the rotamers needs to be less than 1.00.
            However, the total occupancy of all the other rotamer atom
            pairs must be 1.00. Is there a way in Phenix to refine
            rotamers of brominated, unnatural amino acids, and at the
            same time have the total occupancy less than 1.00 for the Br
            atoms only? Any advice how to solve this is welcome.</font></span></div>
    </blockquote>
    <br>
    the answer is in this newsletter article:<br>
    <br>
    13 typical occupancy refinement scenarios and available options in
    phenix.refine<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://www.phenix-online.org/newsletter/">https://www.phenix-online.org/newsletter/</a><br>
    <br>
    Basically, all you need to do is to define each residue side chain
    conformer as one constrained group consisting just that one
    conformer. This will override the default behavior which groups
    occupancies and make them to add up to 1. One way of doing this is
    to compose a parameter file that looks like this, occ_params.eff:<br>
    <br>
    refinement {<br>
    † refine {<br>
    ††† occupancies {<br>
    ††††† constrained_group {<br>
    ††††††† selection = chain A and resseq 123 and altloc A<br>
    ††††† }<br>
    ††††† constrained_group {<br>
    ††††††† selection = chain A and resseq 123 and altloc B<br>
    ††††† }<br>
    ††† }<br>
    † }<br>
    }<br>
    <br>
    and load it into the GUI along with all other files (PDB,
    reflections, etc). This will refine one occupancy for "chain A and
    resseq 123 and altloc A" and one occupancy for "chain A and resseq
    123 and altloc B", and they will not be related to each other. Each
    of the two occupancies will be free to refine to any value between 0
    and 1.<br>
    <br>
    Alternatively (instead of using parameter file), you can use Atom
    Selection Editor: Refinement Settings -&gt; Select Atoms -&gt;
    Refinement Strategy -&gt; Group Occupancies -&gt; Add Group.<br>
    <br>
    Let me know if you have any questions or problems!<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>