<div dir="ltr">Here is a 3pg PDB file and a CCP4 restraints file.<div><br></div><div>I should point out that Phenix applies the planar esd individually to each atom in the plane allowing some atoms to be more out of plane than others. I&#39;m working on using this feature to better advantage at the moment.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 33R0349, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 27, 2016 at 8:35 AM, Keitaro Yamashita <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:k.yamashita@spring8.or.jp" target="_blank">k.yamashita@spring8.or.jp</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Pavel,<br>
<br>
Yes, it would be problematic if 0 is not treated specially. What we<br>
normally expect might be the planarity constraint if sigma is 0. I<br>
don&#39;t know how ccp4 treats it (for example refmac5 keeps atoms planar<br>
in this case), but maybe just the value of the first atom is used?<br>
<br>
Thank you very much for your help but I am sorry that I cannot give a<br>
PDB file because I do not have it.. Could you please generate a test<br>
data yourself?<br>
<br>
Best regards,<br>
Keitaro<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
2016-09-28 0:23 GMT+09:00 Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt;:<br>
&gt; Hi Keitaro,<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; My colleague noticed that planarity restraint of a ligand was ignored<br>
&gt;&gt; when a cif file in CCP4 monomer library was given to phenix.refine.<br>
&gt;&gt; The cif file was $CLIBD_MON/3/3PG.cif.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; This was because phenix (mmtbx) ignores planarity restraint when<br>
&gt;&gt; dist_esd is 0. In the line 2055 of<br>
&gt;&gt; mmtbx/monomer_library/pdb_<wbr>interpretation.py (phenix-1.10.1),<br>
&gt;&gt; plane_atom is not added to the list when (plane_atom.dist_esd in<br>
&gt;&gt; [None, 0]) is True.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; yep, that&#39;s right. This is because restraints are T = SUM w*(p_model -<br>
&gt; p_ideal)**2, with w = 1/esd**2. So instead of bombing with division by zero<br>
&gt; error, the software ignores instances of restraints that would cause numeric<br>
&gt; troubles.<br>
&gt;<br>
&gt; I agree a warning may be helpful! Could you please send me a PDB file that<br>
&gt; contains this ligand?<br>
&gt;<br>
&gt; Pavel<br>
&gt;<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.<wbr>org</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>