<div dir="ltr">Hi Anna-Carin,<div><br></div><div>According to documentation (<a href="https://www.phenix-online.org/documentation/reference/refinement.html#refinement-of-coordinates">https://www.phenix-online.org/documentation/reference/refinement.html#refinement-of-coordinates</a>):</div><br>Refinement with minimization (selected part of model):<br>% phenix.refine data.hkl model.pdb strategy=individual_sites \<br>sites.individual=&quot;chain A&quot;<br>This will refine the coordinates of atoms in chain A only.<div><br></div><div>In your case selection would look more like sites.individual=&#39;not (chain A and resid 123)&#39; given you want to exclude residue with number 123 in chain A.</div><div>In GUI (latest version), go to &quot;Refinement settings&quot; tab, button &quot;Select Atoms&quot;, &quot;Refinement Strategy&quot; tab and put the selection there.</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Oleg Sobolev.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 27, 2016 at 8:52 AM, ancacarl <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:AnnaCarin.Carlsson@colostate.edu" target="_blank">AnnaCarin.Carlsson@colostate.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_-1826743184954727281divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div id="m_-1826743184954727281divtagdefaultwrapper" style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">
<p>Hi, </p>
<p><br>
</p>
<p>I&#39;m working on the refinement <span lang="en-US"><font face="Calibri">of a protein mutated with an unnatural amino acid that is present as two rotamers. Whenever I do refinements, one of the rotamers moves away from the electron density map. I therefore
 would like to </font></span></p>
<p><span lang="en-US"><font face="Calibri">fix the coordinates for this amino acid only while continuing the refinement of the rest of the protein. Is there a way in Phenix to do this?  Any advice is welcome.</font></span></p>
<p><span lang="en-US"><br>
</span></p>
<p><span lang="en-US">Best regards, </span></p>
<p><span lang="en-US">Anna-Carin</span></p>
<span lang="en-US"></span></div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt">
<span lang="en-US"></span>
<p><br>
<br>
</p>
</div>
</div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.<wbr>org</a><br></blockquote></div><br></div>