<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p><font face="Arial">Hi Phenix Team,</font></p>
    <p><font face="Arial">regarding that ligand issue in this thread, we
        observed the same with a ligand in one of our structures now.
        After refinement the ligand is surrounded by pos diff density and
        the B-Factors are around 200 (way above any useful range in that
        case).</font></p>
    <p><font face="Arial">The cif was generated using elbow and phenix
        runs with options Real space refinement, TLS on, individual B,
        and optimizing weights. Nothing crazy.</font></p>
    <p><font face="Arial">Could you find a solution for the previous
        case and give us some tips?</font></p>
    <p><font face="Arial"><br>
        Cheers</font></p>
    <p><font face="Arial"><br>
        Christian</font></p>
    <p><font face="Arial"><br>
      </font></p>
    <p><font face="Arial"><br>
      </font></p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">Am 06.09.2016 um 01:44 schrieb Pavel
      Afonine:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:7f6f06a9-fb4d-bbb8-254e-3486a4ee9f1d@lbl.gov"
      type="cite">
      <meta content="text/html; charset=windows-1252"
        http-equiv="Content-Type">
      Hi Tongqin,<br>
      <br>
      I second Dorothee's point that we need more information to resolve
      this problem. If you still have this problem please send me inputs
      files (data, model, .eff from last refinement, as well as ligand
      .CIF files if any) and I will look into this once I have files.<br>
      <br>
      Pavel<br>
      <br>
      <div class="moz-cite-prefix">On 8/31/16 09:29, Dorothee Liebschner
        wrote:<br>
      </div>
      <blockquote
cite="mid:CAAA+Ob=VWfUJRuMqAza19DaGResKt8twKD6renBnGxRT5ov-vA@mail.gmail.com"
        type="cite">
        <div dir="ltr">Hi Tongqin,
          <div><br>
          </div>
          <div>It is a bit difficult to diagnose with the information
            you provided. Could you please answer the following
            questions?<br>
            <div><br>
            </div>
            <div>- Did you also try to reset the B-factors to similar
              values than neighboring atoms?</div>
            <div>F.ex. the average B-factor in the model could be 50
              A**2, but in the ligand region, it could be lower, let's
              say 20 A**2. Then the starting value using average B is
              quite far from the likely B-factor of the ligand.</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>- What refinement strategy do you apply? How many
              macro-cycles? Do you use any non-default parameters for
              B-factor refinement?</div>
          </div>
          <div><br>
          </div>
          <div>- Which Phenix version are you using?</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Best wishes,</div>
          <div><br>
          </div>
          <div>Dorothee</div>
        </div>
        <div class="gmail_extra"><br>
          <div class="gmail_quote">On Wed, Aug 31, 2016 at 7:12 AM,
            Zhou, Tongqing (NIH/VRC) [E] <span dir="ltr">&lt;<a
                moz-do-not-send="true" href="mailto:tzhou@mail.nih.gov"
                target="_blank">tzhou@mail.nih.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <div link="#0563C1" vlink="#954F72" lang="EN-US">
                <div>
                  <p class="MsoNormal">Dear All,</p>
                  <p class="MsoNormal"> </p>
                  <p class="MsoNormal">I am refining a structure with
                    diffraction to 2.2A resolution and 95 % overall
                    completeness. Now the Rs are at 18% and 23%,
                    respectively. But the program failed to refine B
                    factors for several ligands, atoms had high B
                    factors while showing positive Fo-Fc map around
                    them. Occupancy was set to 1 and I also tried to
                    reset B to mean B of the whole PDB. Any of you
                    seeing this phenomenon? Thanks!</p>
                  <p class="MsoNormal"> </p>
                  <p class="MsoNormal">Shown below is HEPES that has
                    high B factor and positive density around it after
                    refinement:<br>
                  </p>
                </div>
              </div>
            </blockquote>
          </div>
        </div>
      </blockquote>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>