<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class="">Rajendra,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Any errors reported from the crashes? &nbsp;You might check your memory usage. &nbsp;I had crashes with&nbsp;ensemble refinement using phenix-1.10 (and later versions) during the ensemble reducer stage. &nbsp;While the memory usage is quite stable during the MD phase, during the ensemble reducer stage, memory usage increases quite a bit, sometime by 2X. &nbsp;It will get up to 12-16 GB active memory (not including swap space) with a 2x360 residue asymmetric unit. &nbsp;If you are using the computer for something else with higher priority, it may cause problems. &nbsp;I just bought more memory (24-32 GB) and that solved the problem.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Michael</div><div class=""><br class=""></div><br class=""><div apple-content-edited="true" class="">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px;"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; " class=""><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">****************************************************************</span></i></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">R. Michael Garavito, Ph.D.</span></i></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Professor of&nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Biochemistry &amp; Molecular Biology</span></i></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">603 Wilson Rd., Rm. 513&nbsp;</span><span class="Apple-converted-space"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp;&nbsp;</span></span></i></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Michigan State University</span><span class="Apple-converted-space"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span></span></i></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">East Lansing, MI 48824-1319</span><span class="Apple-converted-space"></span></i></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Office:</span></i></span></font><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></i></span></font><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">(517) 355-9724</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Lab:</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">(517) 353-9125</span></i></span></font><font class="Apple-style-span" face="Courier" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; font-family: Courier; "><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""></i></span></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">FAX:</span><span class="Apple-converted-space"><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">(517) 353-9334</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">Email:</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; "><a href="mailto:garavito@msu.edu" class="">garavito@msu.edu</a></span></i></font></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; " class=""><font face="Courier" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Courier; font-family: Courier; font-size: 12px; " class=""><i style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; " class=""><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-size: 12px; font-style: italic; ">****************************************************************</span></i></font></p></div><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On Nov 22, 2016, at 6:26 AM, Rajendra Sharma &lt;<a href="mailto:rajenbiotech@gmail.com" class="">rajenbiotech@gmail.com</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class=""><div class="">Dear all,</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I am running &nbsp;ensemble refinement using&nbsp;phenix-1.10. The calculations are running good until the&nbsp;Ensemble reducer where the jobs get killed &nbsp;in some cases automatically without giving output pdb. I am using default setting to run the jobs.&nbsp;</div><div class=""><font face="monospace" class=""><br class=""></font></div><div class=""><font face="monospace" class="">pdb_stored_per_block is 50 totaling&nbsp;500 towards the end. Is the crash happening because of memory? Will reducing the number of pdb per block help?</font></div><div class=""><font face="monospace" class=""><br class=""></font></div><div class=""><font face="monospace" class="">Secondly, how can I restart the killed runs?&nbsp;</font></div><div class=""><br class=""></div><div class="">thanks in advance.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Raji</div><div style="font-size:12.8px" class=""><br class=""></div><div class=""><div class="gmail_signature"><div dir="ltr" class=""><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" class=""><i class="">Rajendra Sharma<br class="">Research Scholar, PhD.<br class=""></i></font><div class=""><h3 style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;margin:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap" class=""><em class=""><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" style="font-weight:normal;background-color:rgb(243,243,243)" class=""><a href="http://www.cnb.csic.es/" target="_blank" class="">Centro Nacional de Biotecnolog√≠a</a>,</font></em></h3><div class=""><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" class=""><i class=""><u class=""><font color="#0000ff" class="">Universidad Aut√≥noma de Madrid</font></u><font class="">,</font><font style="font-weight:normal;background-color:rgb(243,243,243)" class=""><br class=""></font></i></font></div><div class=""><em class=""><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" class=""><h3 style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;margin:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap" class=""><div style="color:rgb(34,34,34);font-weight:normal;white-space:normal" class=""><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" class="">Madrid, Spain.<br class=""></font></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-weight:normal;white-space:normal" class=""><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" class="">Mobile No. +31-656688390</font></div></h3></font></em></div></div></div></div></div>
</div>
_______________________________________________<br class="">phenixbb mailing list<br class=""><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" class="">phenixbb@phenix-online.org</a><br class="">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br class="">Unsubscribe: phenixbb-leave@phenix-online.org</div></blockquote></div><br class=""></body></html>