<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>&#8203;Debian 8 (jessie)<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor&nbsp;</div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
<div style="color: rgb(33, 33, 33);">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Billy Poon &lt;bkpoon@lbl.gov&gt;<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, November 22, 2016 6:04 PM<br>
<b>To:</b> Reza Khayat<br>
<b>Cc:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Crashing Phenix</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">Hi Reza,
<div><br>
</div>
<div>What is the linux distribution and version that you are using?</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br clear="all">
<div>
<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div>--</div>
<div><span style="font-size:12.8000001907349px">Billy K. Poon</span><br>
</div>
</div>
<div>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div>
<div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div>
<div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div>
<div>Berkeley, CA 94720</div>
<div>Tel: (510) 486-5709</div>
<div>Fax: (510) 486-5909</div>
<div>Web:&nbsp;<a href="https://phenix-online.org" target="_blank">https://phenix-online.org</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Nov 22, 2016 at 5:22 PM, Reza Khayat <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:rkhayat@ccny.cuny.edu" target="_blank">rkhayat@ccny.cuny.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#ffffff; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Typing locale generates:<br>
</p>
<p>LANG=en_US.UTF-8<br>
</p>
<p>...<br>
</p>
<p>LC_ALL=<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Running<br>
</p>
<pre class="m_-1278013642578234316lang-bsh m_-1278013642578234316prettyprint m_-1278013642578234316prettyprinted" style="margin-top:0px; margin-bottom:1em; padding:5px; border:0px; font-size:13px; width:auto; max-height:600px; overflow:auto; font-family:Consolas,Menlo,Monaco,&quot;Lucida Console&quot;,&quot;Liberation Mono&quot;,&quot;DejaVu Sans Mono&quot;,&quot;Bitstream Vera Sans Mono&quot;,&quot;Courier New&quot;,monospace,sans-serif; background-color:rgb(239,240,241); color:rgb(57,51,24); word-wrap:normal"><code style="margin:0px; padding:0px; border:0px; font-family:Consolas,Menlo,Monaco,&quot;Lucida Console&quot;,&quot;Liberation Mono&quot;,&quot;DejaVu Sans Mono&quot;,&quot;Bitstream Vera Sans Mono&quot;,&quot;Courier New&quot;,monospace,sans-serif; white-space:inherit"><span class="m_-1278013642578234316pln" style="margin:0px; padding:0px; border:0px; color:rgb(48,51,54)">sudo locale</span><span class="m_-1278013642578234316pun" style="margin:0px; padding:0px; border:0px; color:rgb(48,51,54)">-</span><span class="m_-1278013642578234316pln" style="margin:0px; padding:0px; border:0px; color:rgb(48,51,54)">gen </span><span class="m_-1278013642578234316str" style="margin:0px; padding:0px; border:0px; color:rgb(125,39,39)">&quot;en_US.UTF-8&quot;</span></code><br></pre>
<p>does not change anything<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>modifying&nbsp;<span style="color:rgb(17,17,17); font-family:Consolas,Menlo,Monaco,&quot;Lucida Console&quot;,&quot;Liberation Mono&quot;,&quot;DejaVu Sans Mono&quot;,&quot;Bitstream Vera Sans Mono&quot;,&quot;Courier New&quot;,monospace,sans-serif; font-size:13px; white-space:pre-wrap; background-color:rgb(239,240,241)">/etc/environment</span>
 to include<br>
</p>
<pre style="margin-top:0px; margin-bottom:1em; padding:5px; border:0px; font-size:13px; width:auto; max-height:600px; overflow:auto; font-family:Consolas,Menlo,Monaco,&quot;Lucida Console&quot;,&quot;Liberation Mono&quot;,&quot;DejaVu Sans Mono&quot;,&quot;Bitstream Vera Sans Mono&quot;,&quot;Courier New&quot;,monospace,sans-serif; background-color:rgb(239,240,241); word-wrap:normal; color:rgb(17,17,17)"><code style="margin:0px; padding:0px; border:0px; font-family:Consolas,Menlo,Monaco,&quot;Lucida Console&quot;,&quot;Liberation Mono&quot;,&quot;DejaVu Sans Mono&quot;,&quot;Bitstream Vera Sans Mono&quot;,&quot;Courier New&quot;,monospace,sans-serif; white-space:inherit">LC_ALL=en_US.UTF-8
LANG=en_US.UTF-8</code>&#8203;<br></pre>
<p>Then Running locale indicates that LC_ALL=en_US.UTF-8. However, the problem persists.&nbsp;<br>
</p>
<span class="">
<p><br>
</p>
<p>Reza<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="m_-1278013642578234316Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper">Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor&nbsp;</div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
</span>
<div style="color:rgb(33,33,33)">
<hr style="display:inline-block; width:98%">
<div id="m_-1278013642578234316divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Billy Poon &lt;<a href="mailto:bkpoon@lbl.gov" target="_blank">bkpoon@lbl.gov</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, November 22, 2016 4:57 PM<br>
<b>To:</b> Reza Khayat<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Crashing Phenix</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div class="h5">
<div>
<div dir="ltr">Hi Reza,
<div><br>
</div>
<div>Do you have the LANG or LC_ALL environment variables set? If you have LANG can you try setting LC_ALL to the same value? Also, make sure that there is a &quot;UTF-8&quot; somewhere. So for English (U.S.), LC_ALL should be set to en_US.UTF-8.</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br clear="all">
<div>
<div class="m_-1278013642578234316gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div>--</div>
<div><span style="font-size:12.8000001907349px">Billy K. Poon</span><br>
</div>
</div>
<div>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div>
<div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div>
<div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div>
<div>Berkeley, CA 94720</div>
<div>Tel: <a href="tel:%28510%29%20486-5709" value="&#43;15104865709" target="_blank">
(510) 486-5709</a></div>
<div>Fax: <a href="tel:%28510%29%20486-5909" value="&#43;15104865909" target="_blank">
(510) 486-5909</a></div>
<div>Web:&nbsp;<a href="https://phenix-online.org" target="_blank">https://phenix-online.org</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Nov 22, 2016 at 3:38 PM, Reza Khayat <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:rkhayat@ccny.cuny.edu" target="_blank">rkhayat@ccny.cuny.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#ffffff; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi,</p>
<p><br>
</p>
<p>I recently installed phenix-1.11.1-2575 (CentOS 5 flavor) and am getting the following crashes when trying to launch the GUI.<br>
</p>
<p>15:31:23: Cannot set locale to language &quot;English&quot;.<br>
15:31:23: locale 'en_GB' cannot be set.<br>
<br>
</p>
<p>phenix-1.10.1-2155 (on the same system) also gives me a locale 'en_GB' error but the GUI launches and I can run programs.</p>
<p><br>
</p>
<p>Any suggestions on how to fix this problem? Thanks.</p>
<p><br>
</p>
<p>Best wishes,<br>
Reza</p>
<div id="m_-1278013642578234316m_486986284685556905Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper"><br>
Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor&nbsp;</div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
<div style="color:rgb(33,33,33)">
<hr style="display:inline-block; width:98%">
<div id="m_-1278013642578234316m_486986284685556905divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font color="#000000" face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt"><b>From:</b>
<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online<wbr>.org</a> &lt;<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-onlin<wbr>e.org</a>&gt; on behalf of Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, August 3, 2016 7:39 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Realspace refinement</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<p>Hi Reza,<br>
</p>
yes, it does.<br>
<br>
Pavel<br>
<br>
<div class="m_-1278013642578234316m_486986284685556905moz-cite-prefix">On 8/1/16 04:16, Reza Khayat wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div class="m_-1278013642578234316m_486986284685556905WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">Does realspace refinement consider temperature factors during refinement? Thanks.</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">Best wishes,<br>
Reza</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d">Reza Khayat, PhD</span><span style="color:#212121"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d">Assistant Professor</span><span style="color:#212121"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d">Department of Chemistry</span><span style="color:#212121"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d">City College of New York</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d">85 Saint Nicholas Terrace, CDI 2.318</span><span style="color:#212121"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d">New York, NY 10031</span><span style="color:#212121"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d"><a href="http://www.khayatlab.org/" target="_blank"><span style="color:#0563c1">http://www.khayatlab.org/</span></a></span><span style="color:#212121"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1f497d"><a href="tel:212-650-6070" value="&#43;12126506070" target="_blank">212-650-6070</a></span><span style="color:#212121"></span></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
</div>
<br>
<fieldset class="m_-1278013642578234316m_486986284685556905mimeAttachmentHeader">
</fieldset> <br>
<pre>______________________________<wbr>_________________
phenixbb mailing list
<a class="m_-1278013642578234316m_486986284685556905moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="m_-1278013642578234316m_486986284685556905moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailm<wbr>an/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="m_-1278013642578234316m_486986284685556905moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.o<wbr>rg</a></pre>
</blockquote>
<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailm<wbr>an/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.o<wbr>rg</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>