<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<style type="text/css" style="display:none"><!--P{margin-top:0;margin-bottom:0;} p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi Rob,</p>
<p><br>
</p>
<p>The download version of centos6 gives me the same problems. Can I run MRage from the command line if I have a PHIL file that was generated by the GUI?&nbsp;I successfully used phenix.10-2155 GUI to run&nbsp;the toxd&nbsp;tutorial with the MRage package. I retrieved the&nbsp;PHIL
 file (mr_pipeline_13.eff) used by MRage&nbsp;in the .phenix directory. However, the suggested&nbsp;syntax&nbsp;does not appear to start the program.</p>
<p><br>
</p>
<p>phenix.mrage -i mr_pipeline_13.eff<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>The program just sits there and using the top command does not indicate that anything is running.
</p>
<p><br>
</p>
<p>Best wishes,<br>
Reza</p>
<p><br>
</p>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor&nbsp;</div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
<div dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of Reza Khayat &lt;rkhayat@ccny.cuny.edu&gt;<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, November 23, 2016 9:28 AM<br>
<b>To:</b> Dr. Robert Oeffner; phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Crashing Phenix during MRage</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<p>Hi Rob,</p>
<p><br>
</p>
<p>I'll give it a try.</p>
<p><br>
</p>
<p>Best wishes,<br>
Reza</p>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">
<br>
Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor&nbsp;</div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
<div dir="ltr" style="font-size:12pt; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; color:#000000; background-color:#ffffff">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> Dr. Robert Oeffner &lt;rdo20@cam.ac.uk&gt;<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, November 23, 2016 9:24 AM<br>
<b>To:</b> Reza Khayat; phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Crashing Phenix during MRage</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt; font-family:'Calibri'; color:#000000">
<div>Dear professor Reza,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Sorry for the problems you’re having with MRage. If it wasn’t for the issues you’re having installing the latest official phenix release I was gonna suggest you try running MRage with that. Much has changed in the underlying code. Have you tried the centos6
 installer version instead?</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Regards,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Rob</div>
<div style="font-size:12pt; font-family:'Calibri'; color:#000000">-- <br>
Robert Oeffner, Ph.D.<br>
Research Associate, The Read Group<br>
Department of Haematology,<br>
Cambridge Institute for Medical Research<br>
University of Cambridge<br>
Cambridge Biomedical Campus<br>
Wellcome Trust/MRC Building<br>
Hills Road<br>
Cambridge CB2 0XY<br>
<br>
www.cimr.cam.ac.uk/investigators/read/index.html<br>
<div style="font-size:small; text-decoration:none; font-family:&quot;Calibri&quot;; font-weight:normal; color:#000000; font-style:normal; display:inline">
</div>
<div style="font:10pt tahoma">
<div style="background:#f5f5f5">
<div style=""><b>From:</b> <a title="rkhayat@ccny.cuny.edu">Reza Khayat</a> </div>
<div><b>Sent:</b> Wednesday, November 23, 2016 2:05 PM</div>
<div><b>To:</b> <a title="phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
</div>
<div><b>Subject:</b> [phenixbb] Crashing Phenix during MRage</div>
</div>
</div>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div style="font-size:small; text-decoration:none; font-family:&quot;Calibri&quot;; font-weight:normal; color:#000000; font-style:normal; display:inline">
<p>Hi,</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>MRage stops running after sometime with the following error:</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>===========================================<br>
</p>
<p>Process Process-1:29434:<br>
Traceback (most recent call last):<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 258, in _bootstrap<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 114, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self._target(*self._args, **self._kwargs)<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/engine.py&quot;, line 175, in mpjob_run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; result = calculation.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/calculation.py&quot;, line 138, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; assert len( raw ) == 1<br>
AssertionError<br>
Process Process-1:29436:<br>
Traceback (most recent call last):<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 258, in _bootstrap<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 114, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self._target(*self._args, **self._kwargs)<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/engine.py&quot;, line 175, in mpjob_run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; result = calculation.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/calculation.py&quot;, line 138, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; assert len( raw ) == 1<br>
AssertionError<br>
Process Process-1:29438:<br>
Traceback (most recent call last):<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 258, in _bootstrap<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 114, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self._target(*self._args, **self._kwargs)<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/engine.py&quot;, line 175, in mpjob_run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; result = calculation.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/calculation.py&quot;, line 138, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; assert len( raw ) == 1<br>
AssertionError<br>
Process Process-1:29440:<br>
Traceback (most recent call last):<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 258, in _bootstrap<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/base/lib/python2.7/multiprocessing/process.py&quot;, line 114, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; self._target(*self._args, **self._kwargs)<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/engine.py&quot;, line 175, in mpjob_run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; result = calculation.run()<br>
&nbsp; File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-1.10.1-2155/modules/phaser/phaser/pipeline/calculation.py&quot;, line 138, in run<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; assert len( raw ) == 1<br>
AssertionError<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
** (gedit:5901): WARNING **: Couldn't connect to accessibility bus: Failed to connect to socket /tmp/dbus-pJCFNfwEtI: Connection refused<br>
<br>
(gedit:5901): GLib-GIO-ERROR **: No GSettings schemas are installed on the system<br>
</p>
<p>==============================================================================</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>The system is a Debian 8 (Jessie), and I'm using 40 threads for the job. Also, I'm using X11 forwarding for the GUI. Any help is appreciated.
</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>Best wishes,<br>
Reza<br>
</p>
<p>&nbsp;</p>
<div id="Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:calibri,arial,helvetica,sans-serif; margin:0px">
Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor </div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
<p>&nbsp;</p>
<p></p>
<hr>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
phenixbb@phenix-online.org<br>
http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb<br>
Unsubscribe: phenixbb-leave@phenix-online.org</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>