<div dir="ltr">Dear all, <div><br></div><div>Is  is possible to save all the structures generated in ensemble refinement before Ensemble reducer stage?</div><div><br></div><div>Thanks in advance.</div><div>Raji</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" color="#000000"><i>Rajendra Sharma<br>Research Scholar, PhD.<br></i></font><div><h3 style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;margin:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><em><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" style="font-weight:normal;background-color:rgb(243,243,243)" color="#000000"><a href="http://www.cnb.csic.es/" target="_blank">Centro Nacional de Biotecnología</a>,</font></em></h3><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><i><u><font color="#0000ff">Universidad Autónoma de Madrid</font></u><font color="#000000">,</font><font style="font-weight:normal;background-color:rgb(243,243,243)" color="#000000"><br></font></i></font></div><div><em><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#000000" size="2"><h3 style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;margin:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><div style="color:rgb(34,34,34);font-weight:normal;white-space:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" color="#000000"><i>Madrid, Spain.<br></i></font></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-weight:normal;white-space:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" color="#000000"><i>Mobile No. +31-656688390</i></font></div></h3></font></em></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 22, 2016 at 12:26 PM, Rajendra Sharma <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rajenbiotech@gmail.com" target="_blank">rajenbiotech@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear all,</div><div><br></div><div>I am running  ensemble refinement using phenix-1.10. The calculations are running good until the Ensemble reducer where the jobs get killed  in some cases automatically without giving output pdb. I am using default setting to run the jobs. </div><div><font color="#000000" face="monospace"><br></font></div><div><font color="#000000" face="monospace">pdb_stored_per_block is 50 totaling 500 towards the end. Is the crash happening because of memory? Will reducing the number of pdb per block help?</font></div><div><font color="#000000" face="monospace"><br></font></div><div><font color="#000000" face="monospace">Secondly, how can I restart the killed runs? </font></div><div><br></div><div>thanks in advance.</div><div><br></div><div>Raji</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div style="font-size:12.8px"><br></div><div><div class="m_4501249158646467049gmail_signature"><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" color="#000000"><i>Rajendra Sharma<br>Research Scholar, PhD.<br></i></font><div><h3 style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;margin:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><em><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" style="font-weight:normal;background-color:rgb(243,243,243)" color="#000000"><a href="http://www.cnb.csic.es/" target="_blank">Centro Nacional de Biotecnología</a>,</font></em></h3><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><i><u><font color="#0000ff">Universidad Autónoma de Madrid</font></u><font color="#000000">,</font><font style="font-weight:normal;background-color:rgb(243,243,243)" color="#000000"><br></font></i></font></div><div><em><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#000000" size="2"><h3 style="padding-top:0px;padding-right:0px;padding-left:0px;margin:0px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap"><div style="color:rgb(34,34,34);font-weight:normal;white-space:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" color="#000000"><i>Madrid, Spain.<br></i></font></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-weight:normal;white-space:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2" color="#000000"><i>Mobile No. <a href="tel:%2B31-656688390" value="+31656688390" target="_blank">+31-656688390</a></i></font></div></h3></font></em></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
</blockquote></div><br></div>