<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Tofayel,<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:PS1PR01MB076418386ED86551DAAD304DE38D0@PS1PR01MB0764.apcprd01.prod.exchangelabs.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">Is it possible using phenix.real_space_refine to
        locally refine a protein or RNA chain (against a cryo-EM
        map) which is part of a big complex. </div>
    </blockquote>
    <br>
    no, sorry. Options:<br>
    <br>
    1) Create PDB file that contains only parts of the model that you
    want to refine and supply that to phenix.real_space_refine. This may
    work just fine but dangers are that refined part of the model may
    clash with the one that is not refined<br>
    <br>
    2) Refine entire model restraining positions of selected atoms to
    their initial coordinates. <br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:PS1PR01MB076418386ED86551DAAD304DE38D0@PS1PR01MB0764.apcprd01.prod.exchangelabs.com"
      type="cite">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">During the run, I would like to keep most of
        my complex constant in space except neighboring one or two
        protein/RNA molecules which I would like to see getting
        adjusted to remove clashes. I am using the program through
        command-line. <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I can see how this may be useful and I will add this functionality
    to phenix.real_space_refine.<br>
    <br>
    Just out of curiosity: why you want to keep some parts of the model
    fixed?<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>