
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=windows-1252"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Hi,<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:566071439.4401615.1480607848697@mail.yahoo.com"

      type="cite">

      <div style="color:#000; background-color:#fff;

        font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial,

        Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px">Supposed  by

        phenix.real_space_refine I got a PDB of protein-ligand, will you

        please let me know how to get the subtraction map (difference

        map?) which only show the density of the ligand, so that I can

        see whether the ligand was well resolved in the map, or whether

        the built ligand fits well with the ligand density?</div>

    </blockquote>

    <br>

    it's not yet available (assuming you are asking for this to be done

    in real space). However you should be able to use your original

    cryo-EM map to infer this information.<br>

    <br>

    Another alternative (which I can't dislike more) is to convert

    cryo-EM map into structure factors, run a round of phenix.refine

    refinement, and that will give you an MTZ with 2mFo-DFc and mFo-DFc

    map coefficients (which, by construction, will be model biased,

    unlike your original cryo-EM map!). How much sense they would make

    in this case that I can't tell.<br>

    <br>

    Pavel<br>

    <br>

  </body>

</html>