<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hi Tommi,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Yes, mr_rosetta requires that the sequence in your model matches the sequence file (though there can be gaps). &nbsp;After autobuild there may be some segments (as in your case) that are not assigned to sequence and that may have whatever sequence matched the
 map. &nbsp;This will indeed cause trouble with mr_rosetta.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>Probably the best solution is to remove all the segments in your autobuild model that are labeled &quot;UNK&quot;, indicating that the sequence is not known.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>You could also try running:<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>&nbsp;&nbsp;<span style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 16px; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; phenix.assign_sequenc</span>&#8203;e<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>on your model/map/seq file to see if you can get any more of the model assigned to sequence.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>I'm not quite sure what the command line vs command file problem is, but if it causes problems for you I'm happy to have a look if you send everything I need to check it out,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>All the best,<br>
</p>
<p>Tom<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<div style="word-wrap:break-word">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of Kajander, Tommi A &lt;tommi.kajander@helsinki.fi&gt;<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, December 21, 2016 7:18 AM<br>
<b>To:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] alingments in mr_rosetta</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>Hi,
<div class=""><br class="">
<div class="">I am wondering about the alignment of sequence and PDB model in mr_rosetta - the program seems to complain if the sequences dont</div>
<div class="">exactyl match - so is this really the case? (I have an initial model from autobuild with some fragments that do not have fully correct sequence - hence</div>
<div class="">it doenst exactly match with the original sequence of the protein). Does it have to? Or should there be a way around it?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">also the command file examples online e.g. :</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<pre class="literal-block">phenix.mr_rosetta \
  seq_file=seq.dat \
  data=coords1.mtz \
  search_models=coords1.pdb \
  already_placed=True \
  rescore_mr.relax=False \
  rosetta_models=20 \
  ncs_copies=2 \
  space_group=p212121  \
  use_all_plausible_sg=False \
  nproc=200 \
  group_run_command=qsub
</pre>
<pre class="literal-block"><br class=""></pre>
<pre class="literal-block">when using the command file all the commands are not recognized for some reason (running on a mac with bash shell) e.g. </pre>
<pre class="literal-block">rescore_mr.relax=False, same with fragment files&#8230; not quite sure what the problems is there, probably something trivial.</pre>
<pre class="literal-block">-if i just enter them on the command line it works.</pre>
<pre class="literal-block"><br class=""></pre>
<pre class="literal-block">Thanks,</pre>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:auto; word-spacing:0px; word-wrap:break-word">
<div class="" style="orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; widows:auto; word-wrap:break-word">
<div class="" style="orphans:auto; text-align:start; text-indent:0px; widows:auto; word-wrap:break-word">
<div class="">
<div class="" style="color:rgb(0,0,0); letter-spacing:normal; text-transform:none; white-space:normal; word-spacing:0px; orphans:2; widows:2; border-collapse:separate; border-spacing:0px; word-wrap:break-word">
Tommi</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>