<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Melissa,<br>
    <br>
    we need to have a closer look to understand what's happening...<br>
    <br>
    Could you please send us these PDB file:<br>
    - original (before modifications);<br>
    - file after modifications;<br>
    - file after refinement;<br>
    - cif file.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 1/11/17 14:15, Melissa Ford wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:AEE3C229-6B5D-4809-8B34-27F477520164@gmail.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <font class="" face="calibri, arial, helvetica, sans-serif"
        size="3">I'm having working on modeling a sulfur on the
        phosphate backbone of DNA in replace of one of the oxygens and
        have encountered some restraint problems. I've successfully
        managed to replace the oxygen with a sulfur in the proper
        geometry in a pdb, generate a cif file for the modified residue
        (adenosine 5'-phosphorothioate), and run an initial refinement.
        Upon that refinement, a few errors occur. First, since the
        phosphate bound to the sulfur is the first atom of the modified
        residue the angle between the O3' (of the neighboring residue) -
        P- S is not recognized and forced into an unfavorable geometry.
        When trying to add that additional angle to the cif�file, I get
        an error. Aditionally, the change causes Phenix to not recognize
        the chirality of the C3' that the phosphate is bonded to and
        forces the ribose into a planar conformation.�I am sure there is
        something I am�missing that allows phenix to recognize this new
        residue as a modified nucleotide so that it knows these
        restraints.�Any insight on this would be great. Thank you!�</font>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>