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<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi All,<br>

<br>

Looking to generate restraints for phenix.refine that are similiar/equivalent to external restraints in REFMAC. From over viewing the documentation i feel the correct way to do this is to generate bond restraints, i.e:<br>

<br>

Equivalent of:<br>

<br>

exte dist first chain A resi&nbsp;&nbsp; 38 atom&nbsp; C&nbsp;&nbsp; alte A second chain A resi&nbsp;&nbsp; 38 atom&nbsp; C&nbsp;&nbsp; alte B value 0.0 sigma 0.02 type 1<br>

<br>

would be :<br>

<br>

refinment.geometry_restraints.edits {<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; bond {<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; action = *add <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom_selection_1 = chain A&nbsp; and resid 38 and altloc A and name C<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom_selection_2 = chain A&nbsp; and resid 38 and altloc B and name C<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; symmetry_operation = None <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; distance_ideal = 0.0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma = 0.02<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; slack = None<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; }<br>

}<br>

<br>

If this is incorrect: Am i missing another way to create external restraint functionality in phenix, or am I making a more fundamental misunderstanding of how restraints are handled in both programs?<br>

<br>

Thanks in advance<br>

<br>

Elliot Nelson&nbsp; <br>

</div>

</body>

</html>