<div dir="ltr"><div>Here is the output<br><a href="http://pastebin.com/tEimEaF2">http://pastebin.com/tEimEaF2</a><br><br></div>Thanks<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-02-06 18:23 GMT-06:00 Billy Poon <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bkpoon@lbl.gov" target="_blank">bkpoon@lbl.gov</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Sorry, can you try running that command again, but in the <div><br></div><div>/usr/local/phenix-dev-2666/bui<wbr>ld<br></div><div><br></div><div>directory? The command needs to run in the same directory specified by the --current_working_directory flag.</div></div><div class="gmail_extra"><span class=""><br clear="all"><div><div class="m_4931313884188895974gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div>--</div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Billy K. Poon</span><br></div></div><div>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div><div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div><div>Berkeley, CA 94720</div><div>Tel: (510) 486-5709</div><div>Fax: (510) 486-5909</div><div>Web: <a href="https://phenix-online.org" target="_blank">https://phenix-online.org</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br></span><div><div class="h5"><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 6, 2017 at 4:04 PM, Murpholino Peligro <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:murpholinox@gmail.com" target="_blank">murpholinox@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>[eva03 phenix-installer-dev-2666-inte<wbr>l-linux-2.6-x86_64-centos5]# /usr/local/phenix-dev-2666/bas<wbr>e/bin/python /usr/local/phenix-dev-2666/mod<wbr>ules/cctbx_project/libtbx/conf<wbr>igure.py --current_working_directory /usr/local/phenix-dev-2666/bui<wbr>ld --command_version_suffix dev-2666 phenix phaser solve_resolve labelit dials xia2 iota prime<br>Traceback (most recent call last):<br>  File &quot;/usr/local/phenix-dev-2666/mo<wbr>dules/cctbx_project/libtbx/con<wbr>figure.py&quot;, line 22, in &lt;module&gt;<br>    if not run():<br>  File &quot;/usr/local/phenix-dev-2666/mo<wbr>dules/cctbx_project/libtbx/con<wbr>figure.py&quot;, line 17, in run<br>    libtbx.env_config.cold_start(s<wbr>ys.argv)<br>  File &quot;/usr/local/phenix-dev-2666/mo<wbr>dules/cctbx_project/libtbx/env<wbr>_config.py&quot;, line 2294, in cold_start<br>    &quot; --current_working_directory %s&quot; % show_string(build_path))<br>RuntimeError: Not equivalent to the current working directory: --current_working_directory &quot;/usr/local/phenix-dev-2666/bu<wbr>ild&quot;<br><br></div>I am trying the centos5 version. I&#39;ll try the centos6 ...<br></div><div class="m_4931313884188895974HOEnZb"><div class="m_4931313884188895974h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-02-03 15:39 GMT-06:00 Billy Poon <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:bkpoon@lbl.gov" target="_blank">bkpoon@lbl.gov</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Can you provide the output for</div><div><br></div><div>&#39;/usr/local/phenix-dev-2666/ba<wbr>se/bin/python /usr/local/phenix-dev-2666/mod<wbr>ules/cctbx_project/libtbx/conf<wbr>igure.py --current_working_directory /usr/local/phenix-dev-2666/bui<wbr>ld --command_version_suffix dev-2666 phenix phaser solve_resolve labelit dials xia2 iota prime&#39;<br></div><div><br></div><div>That is the command that is failing.</div><div><br></div><div>Also, which installer are you using? The CentOS 6 installer is generally more compatible with more recent versions.</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_4931313884188895974m_7470612092941450940m_-7313014384862401768gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div>--</div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Billy K. Poon</span><br></div></div><div>Research Scientist, Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging</div><div>Lawrence Berkeley National Laboratory</div><div>1 Cyclotron Road, M/S 33R0345</div><div>Berkeley, CA 94720</div><div>Tel: <a href="tel:(510)%20486-5709" value="+15104865709" target="_blank">(510) 486-5709</a></div><div>Fax: <a href="tel:(510)%20486-5909" value="+15104865909" target="_blank">(510) 486-5909</a></div><div>Web: <a href="https://phenix-online.org" target="_blank">https://phenix-online.org</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_4931313884188895974m_7470612092941450940h5">On Thu, Feb 2, 2017 at 2:02 PM, Murpholino Peligro <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:murpholinox@gmail.com" target="_blank">murpholinox@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="m_4931313884188895974m_7470612092941450940h5"><div dir="ltr"><div><div><div>Dear all.<br></div>has anyone been lucky with the installation of phenix in manjaro or any other archlinux-based distribution?<br><br></div>Thanks<br></div>Ps. Error looks like <a href="http://pastebin.com/WzwrbK8W" target="_blank">http://pastebin.com/WzwrbK8W</a><br></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailm<wbr>an/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.o<wbr>rg</a><br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>