<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Maike,<br>
    <br>
    could you please send me input files and I will provide the solution
    for your issue?<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:D4A71D92-5D53-44FF-B937-8F0E095D8260@bioch.ox.ac.uk"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      1) reduce deviation from planarity restraints to very small value
      or zero  -&gt; ligand still gets distorted in refinement
    </blockquote>
    <br>
    Setting esd to very small number means huge contribution of that
    restrain to refinement target because corresponding weight is
    1/esd**2. So I'm not surprised it did not work.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:D4A71D92-5D53-44FF-B937-8F0E095D8260@bioch.ox.ac.uk"
      type="cite">
      <div class="">2) Set all bond angle restraints to ideal values and
        checked sums of angles in planar rings -&gt; ligand still gets
        distorted in refinement
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    You need a plane and phenix.refine allows you to put any desired
    atoms into a plane, so no need to work-around this using angles.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:D4A71D92-5D53-44FF-B937-8F0E095D8260@bioch.ox.ac.uk"
      type="cite">
      <div class="">3) Used phenix.elbow with - -final-geometry on a pdb
        of a planar ligand —&gt; ligand still gets distorted in
        refinement</div>
    </blockquote>
    <br>
    I hoped Nigel addresses this one.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:D4A71D92-5D53-44FF-B937-8F0E095D8260@bioch.ox.ac.uk"
      type="cite">
      <div class="">4) Used the grade server (<a moz-do-not-send="true"
          href="http://grade.globalphasing.org" class="">grade.globalphasing.org</a>)
        to generate cif file from SMILES string—&gt; phenix.refine stops
        with message “Unknown file format: grade-ligand.cif”.</div>
    </blockquote>
    <br>
    External to Phenix tools do not guarantee to provide inputs good for
    Phenix.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:D4A71D92-5D53-44FF-B937-8F0E095D8260@bioch.ox.ac.uk"
      type="cite">
      <div class="">
      </div>
      <div class="">Does anyone have another suggestion, </div>
    </blockquote>
    <br>
    See above: send me files and I will make it work.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:D4A71D92-5D53-44FF-B937-8F0E095D8260@bioch.ox.ac.uk"
      type="cite">
      <div class="">except for installing an extra QM package?</div>
    </blockquote>
    <br>
    QM in this particular case would be a "cannon to kill a fly".<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>