<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Dear Kornelius, you can find the answer here</p>
    <p><a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
        href="https://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2015_07.pdf#page=12">https://www.phenix-online.org/newsletter/CCN_2015_07.pdf#page=12</a></p>
    <p>example 5. <br>
    </p>
    <p>The example is crambin: crambin displays amino acid heterogeneity
      at position 22(Pro or Ser) and 25 (Leu or Ile).<br>
    </p>
    <br>
    <div dir="ltr"><b>However† atoms overlapping (</b><b><b>crambin)</b>
        crashes Coot until you add</b><br>
      <br>
      †allow_duplicate_sequence_numbers()</div>
    <div dir="ltr"><br>
    </div>
    <div dir="ltr">to $HOME/.coot.py in OSX or the appropriate place on
      Windows.†<span style="font-size:12.8px">For Windows, as there is
        no $HOME, Coot uses .coot.py or .coot-preferences/ directory for
        configuration - these can be found (added to) the directory in
        which Coot was installed (e.g. C:\WinCoot).<br>
      </span></div>
    <span style="font-size:11.0pt"> <br>
      Best regards, Georg.<br>
    </span><br>
    <div class="moz-cite-prefix">Am 12.04.2017 um 17:57 schrieb
      Kornelius Zeth:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:A04FEE80804B3949ADC9D4C010CF034B1AF15971@MBX1.ad.ruc.dk"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:3.0cm 2.0cm 3.0cm 2.0cm;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Dear all,<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Iím trying to refine the occupancy and
          position of two co-factors iron (III) and FEO (Fe-O-Fe) in a
          crystal structure. The iron (III) is placed with some
          occupancy on one of the iron positions in FEO. If I refine
          them together in Phenix with low occ phenix.refine moves the
          atoms apart. What is the best way of dealing with this
          problem?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Thanks and best wishes<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>†</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Kornelius<o:p></o:p></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>