<div dir="ltr">Hi Reza,<div><br></div><div>Thank you for sharing files and letting us fix it. The fix will be available in nightly builds from dev-2748 and higher. Meanwhile I uploaded the results of fixed command to the folder you shared with me.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Oleg Sobolev. </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 17, 2017 at 9:18 AM, Oleg Sobolev <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:osobolev@lbl.gov" target="_blank">osobolev@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Reza,<div><br></div><div>I&#39;m afraid this needs to be fixed on our end. Can you please send me (off list) the files you used for this run?</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Oleg Sobolev.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Mon, Apr 17, 2017 at 4:34 AM, Reza Khayat <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rkhayat@ccny.cuny.edu" target="_blank">rkhayat@ccny.cuny.edu</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi,</p>
<p><br>
</p>
<p>I&#39;m getting the following error when running phenix.find_peaks_holes</p>
<p><br>
</p>
<p>peak=   -3.937 closest distance to pdb=&quot; CB  ASPCB 228 &quot; =    2.259<br>
peak=   -3.521 closest distance to pdb=&quot; O   PROCB 229 &quot; =    2.275<br>
peak=   -4.264 closest distance to pdb=&quot; CD1 LEUCB 231 &quot; =    4.718<br>
peak=   -3.384 closest distance to pdb=&quot; CD1 LEUCB 231 &quot; =    5.050<br>
<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-dev-2<wbr>733/build/../modules/cctbx_pro<wbr>ject/mmtbx/command_line/find_<wbr>peaks_holes.py&quot;, line 550, in &lt;module&gt;<br>
<br>
SUMMARY OF MAP PEAKS:<br>
  mFo-DFc &gt;  3:  10775<br>
  mFo-DFc &gt;  6:    847<br>
  mFo-DFc &gt;  9:     42<br>
  mFo-DFc max:   13.04<br>
  mFo-DFc &lt; -3:   6148<br>
  mFo-DFc &lt; -6:    525<br>
  mFo-DFc &lt; -9:     49<br>
  mFo-DFc min:  -10.40<br>
<br>
<br>
</p>
<p>    run(sys.argv[1:])<br>
  File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-dev-2<wbr>733/build/../modules/cctbx_pro<wbr>ject/mmtbx/command_line/find_<wbr>peaks_holes.py&quot;, line 511, in run<br>
    result.save_pdb_file(file_name<wbr>=&quot;%s.pdb&quot; % prefix, log=out)<br>
  File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-dev-2<wbr>733/build/../modules/cctbx_pro<wbr>ject/mmtbx/command_line/find_<wbr>peaks_holes.py&quot;, line 173, in save_pdb_file<br>
    rg = create_atom(xyz, peak, k)<br>
  File &quot;/opt/X-tal_suite/phenix-dev-2<wbr>733/build/../modules/cctbx_pro<wbr>ject/mmtbx/command_line/find_<wbr>peaks_holes.py&quot;, line 159, in create_atom<br>
    rg = iotbx.pdb.hierarchy.residue_gr<wbr>oup(resseq=str(serial))<br>
ValueError: string is too long for target variable (maximum length is 4 characters, 5 given).<br>
<br>
</p>
<p>Is it referring to the 5 characters used for the residue name? If so, how do I correct for this? This is a PDB of a virus (60 subunits). Thanks.</p>
<p><br>
</p>
<p>Best wishes,<br>
Reza<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066Signature">
<div name="divtagdefaultwrapper">
Reza Khayat, PhD
<div>Assistant Professor </div>
<div>City College of New York</div>
<div>Department of Chemistry</div>
<div>New York, NY 10031</div>
</div>
</div>
<div dir="ltr" style="color:rgb(33,33,33)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online<wbr>.org</a> &lt;<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-onlin<wbr>e.org</a>&gt; on behalf of #AHMED TOFAYEL# &lt;<a href="mailto:TOFAYEL001@e.ntu.edu.sg" target="_blank">TOFAYEL001@e.ntu.edu.sg</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> Monday, April 17, 2017 12:38 AM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Generate a map showing local agreement between map and model</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p></p>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
Dear developers and users,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
Is it possible to generate a map to show local agreement between cryo-EM map and the model generated using the same map? If I am not wrong, the supplementary figure S5 had accomplished the job (using Chimera), but I don&#39;t understand how to generate a similar
 figure for my project. Is it possible to do with phenix?</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__emboj.embopress.org_content_28_6_755&amp;d=DgMFAw&amp;c=4NmamNZG3KTnUCoC6InoLJ6KV1tbVKrkZXHRwtIMGmo&amp;r=1DzJFW0v6TgEhkW1gy_-ke-RbtvS1fzEbD5_hcb9Up0&amp;m=pvrL1zz81cKSgrwK0o2bLY-9_SY5XnNbJUoV8uk3Vng&amp;s=7SDJ0Xn1Yw2YMcBQKaJp9dCizbRKPrs8YrFvLsfFaJw&amp;e=" class="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066OWAAutoLink" id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066LPlnk477753" target="_blank">http://emboj.embopress.org/con<wbr>tent/28/6/755</a><br>
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;margin-top:0px;margin-bottom:0px">
Best regards,<br>
</div>
<div id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066Signature" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">
<div id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066divtagdefaultwrapper"><font face="Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif"><span id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066divtagdefaultwrapper">
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Tofayel</div>
<div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">NTU Singapore</div>
</span></font></div>
</div>
<p></p>
<div id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066Signature">
<div id="m_-2639670059517241873m_1768881860200716066divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)">
<p style="color:rgb(0,0,0)"><br>
</p>
<p style="color:rgb(0,0,0)"></p>
<p style="color:rgb(0,0,0)"></p>
<p style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:12pt"></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailm<wbr>an/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.o<wbr>rg</a><br></blockquote></div><br></div></div>
</blockquote></div><br></div>