<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta name="Generator" content="Microsoft Exchange Server">
<!-- converted from text --><style><!-- .EmailQuote { margin-left: 1pt; padding-left: 4pt; border-left: #800000 2px solid; } --></style>
</head>
<body>
<meta content="text/html; charset=UTF-8">
<style type="text/css" style="">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style>
<div dir="ltr">
<div id="x_divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt; color:#000000; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi Pat,</p>
<p><br>
</p>
<p>I believe they suggest using target weight optimization in this case. It can be specified on the command line as below:</p>
<p><span style="font-size:12pt"><br>
</span></p>
<p><span style="font-size:12pt">optimize_xyz_weight=true &nbsp;optimize_adp_weight=true</span></p>
<p><span style="font-size:12pt"><br>
</span></p>
<p><span style="font-size:12pt">I've found for a couple structures I had to use this or else the geometry was much worse. They also
</span>recommend<span style="font-size:12pt">&nbsp;to use this in the last round of&nbsp;refinement.</span></p>
<p><span style="font-size:12pt"><br>
</span></p>
<p><span style="font-size:12pt">Cheers,</span></p>
<p><span style="font-size:12pt">Nick</span></p>
<p></p>
<pre class="x_literal-block" style="margin-left:2em; margin-right:2em"><br></pre>
<p></p>
</div>
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="x_divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org &lt;phenixbb-bounces@phenix-online.org&gt; on behalf of Patrick Loll &lt;pat.loll@drexel.edu&gt;<br>
<b>Sent:</b> Thursday, May 4, 2017 1:25:21 PM<br>
<b>To:</b> Pavel Afonine; phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] Different stats with different number of macrocycles</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
</div>
<font size="2"><span style="font-size:10pt;">
<div class="PlainText">Hi Pavel,<br>
<br>
I agree that the differences in the R values are not large, but I found the geometry differences compelling (RMS bonds/angles can be either 0.005 /0.9 deg or 0.008 /1.4 deg).<br>
<br>
Im glad to hear the strategies may change based on macrocycle number (otherwise Id question my understanding of refinement). Is there any way a user can change influence this choice of strategy? Given two models with essentially equivalent R values, Id prefer
 the one with nicer geometry.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Pat<br>
<br>
&gt; On 4 May 2017, at 12:20 PM, Pavel Afonine &lt;PAfonine@LBL.GOV&gt; wrote:<br>
&gt; <br>
&gt; Hi Patrick,<br>
&gt; <br>
&gt;&gt; I am finishing a refinement at 2.5 , using the Phenix GUI. I performed a three-macrocycle refinement, and saw that the geometry (RMS bonds/angles) and R/Rfree all got better in the first macrocycle, and then worsened in the subsequent two macrocycles.<br>
&gt; <br>
&gt; it's hard to comment on this one because I don't know how you define &quot;worse&quot;. For example, I'd call the same &quot;R/Rfree = 0.208/0.236&quot; and &quot;R/Rfree = 0.209/0.240&quot; but some may think they are different.<br>
&gt; <br>
&gt;&gt; OK, fine. So I repeated the refinement, except I performed only a single macrocycle (starting from the exact same input coordinates). However, the statistics after this one-macrocycle job did not match the stats seen after 1 macrocycle in the 3-macrocycle
 job (?!). This doesnt make sense to me; if youre starting from the exact same coordinates, shouldnt the first macrocycle always wind up at the same place, regardless of whether or not the program goes on to do additional macrocycles of refinement?<br>
&gt; <br>
&gt; phenix.refine may change internal strategies based on specified number of macro-cycles. So your observation is not too unexpected to me.<br>
&gt; <br>
&gt; Pavel<br>
&gt; <br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
phenixbb@phenix-online.org<br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: phenixbb-leave@phenix-online.org</div>
</span></font>
</body>
</html>