<div dir="ltr">Dear community<div><div><div class="gmail-m_-2324711214094292243gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div style="font-size:12.7273px"><font color="#000000"></font></div></div></div></div></div></div>
</div><div><br></div><div>I guess it may not be a standard practice but I wonder if anyone has tried to use a density modified map for ligand building.</div><div><br></div><div>My situation is that I am trying to fit a single strand DNA ligand into an enzyme model. The dataset is at 3 Ang, P1 space, with overall completeness of only about 88%. MR was done by the apo-enzyme and the density for the first two-third of the ligand is very good and could easily be modelled. Towards the last one-third the density becomes much weaker so nucleotides cannot be easily put. This is the only dataset so far, so multi-crystal averaging / map averaging is not possible at this stage. NCS averaging is also not possible. We did try to sharpen map during refinement.</div><div><br></div><div>I understand that DM is usually used to improve phase at the initial stage esp. with experimental phasing. With MR would you think density modification could produce a better map to aid the modelling of the last one-third ligand? Can I use the denmod.mtz directly for manual model building?</div><div><br></div><div>Any input would be very much appreciated.</div><div><br></div><div>Best</div><div><br></div><div>Sam</div><div>Biochemistry Programme, CUHK</div></div>