<div dir="ltr">Hi Sam,<div><br></div><div>The correlation coefficients look rather poor. However, the most important is to inspect the maps. But, i the maps do not show evidence of the nucleotides, it is difficult to &quot;prove&quot; that they are there (or have a particular orientation).</div><div><br></div><div>To get clues from the map, I would f.ex. look for a higher peak which could indicate the P position. </div><div>Also, as it was suggested in the other thread, build/improve as much of the model as you can, and then investigate details.</div><div><br></div><div>You can read more about the Discrepancy function D in:</div><div><span style="text-indent: -32pt;">Urzhumtsev, A., Afonine, P. V., Lunin, V. Y., Terwilliger, T. C. &amp; Adams, P. D. Metrics for comparison of crystallographic maps. </span><i style="text-indent: -32pt;">Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr.</i><span style="text-indent: -32pt;"> </span><b style="text-indent: -32pt;">70,</b><span style="text-indent: -32pt;"> 2593–2606 (2014).</span></div><div><a href="http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?kw5094" style="text-indent: -32pt;">http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?kw5094</a></div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Dorothee</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 5, 2017 at 7:43 AM, Sam Tang <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:samtys0910@gmail.com" target="_blank">samtys0910@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Pavel<div><br></div><div>Thanks again for the advice. I have run Polder map on two of the nucleotides in doubt. The CC for one of them:</div><div>N1:CC(1,2): 0.5610</div><div>CC(1,3): 0.6212</div><div>CC(2,3): 0.5193</div><div><br></div><div>Peak CC:</div><div>CC(1,2): 0.5444</div><div>CC(1,3): 0.5798</div><div>CC(2,3): 0.4921</div><div><br></div><div>The embarrassing issue here is that these two nucleotides make complete sense biologically if they turn out to be flexible. Will the high B-factor hinders the calculation of CC in Polder map? Meanwhile, I notice there is a column labeled &#39;q&#39; in the log output like the below<br></div><div><br></div><div><div>q    D(1,2) D(1,3) D(2,3)</div><div>0.10 0.4162 0.7689 0.6533</div><div>0.20 0.4748 0.6926 0.6796</div><div>0.30 0.5252 0.6516 0.6466</div><div>0.40 0.6243 0.6590 0.6937</div><div>0.50 0.6576 0.6160 0.7034</div><div>0.60 0.6851 0.5420 0.6807</div><div>0.70 0.7606 0.5029 0.6442</div><div>0.80 0.8422 0.4325 0.6959</div><div>0.90 0.9365 0.4567 0.7226</div><div>0.91 0.9783 0.4447 0.7750</div><div>0.92 0.9614 0.4666 0.7352</div><div>0.93 0.9591 0.4955 0.7513</div><div>0.94 0.9594 0.5258 0.8026</div><div>0.95 0.9639 0.5805 0.7558</div><div>0.96 1.0026 0.6504 0.8130</div><div>0.97 0.9655 0.6079 0.7867</div><div>0.98 1.0087 0.9025 0.8495</div><div>0.99 0.8934 0.9460 0.8934</div></div><div><br></div><div>Could you enlighten me as to the meaning of these or where I could go for relevant readings?</div><div><br></div><div>Many thanks indeed.</div><div><br></div><div>Kind regards</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div></font></span><div><div class="gmail_extra"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><div class="m_-2544099722409130110gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.7273px"><font color="#000000">Sam <br></font></div></div></div></div></div></font></span><span class="">
<div class="gmail_extra"><br></div><br><div class="gmail_quote">On 4 June 2017 at 11:23, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Sam,<span class="m_-2544099722409130110gmail-"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
I have tried Polder Map as well as the conventional SA-OMIT map. My feeling is that the conventional way gives better map for the ligand at the &#39;good&#39; region than Polder, but neither way improves density at the &#39;poor&#39; region.<br>
</blockquote>
<br></span>
I&#39;d say it&#39;s more about getting convincing map rather than (artistically) looking better one. If three CC numbers that Polder map tool reports are in favor of the ligand then this is what you&#39;ve got. By design, any sort of OMIT map is expected to appear worse than say usual 2mFo-DFc map (it is naive to expect that by removing bits of model you get a better looking map).<br>
<br>
Both methods you quote are to show you the map, not to improve the model so that in turn you get an improved map.<span class="m_-2544099722409130110gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Pavel<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></span></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.<wbr>org</a><br></blockquote></div><br></div>