<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hello Bing,<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">General strategies: I select COOT for the model
        building; using phenix.real_sapce_refine for the real space
        refinement with secondary structure restrain and REFMAC for the
        reciprocal space refinement.<br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    what's the purpose of reciprocal space refinement if you don't have
    any measured reflections ? (it's cryo-EM data, which is map!).<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>Few questions are listed here.<br>
        </div>
        <div>
          1. The map was too bigger to open it in COOT. The
          phenix.map_to_structure_factors was used to obtaine ~120 MB
          sized MTZ file (still a little big for my computer). I
          manually build up the whole ball-shaped phage with the rigid
          body fit in COOT (from two X-ray structures to 120 chains). My
          first question will be: In this case, should I crop the map in
          Chimera or other software and only focus on a small asymmetric
          unit to do the model building and the followed refinement.<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Sometimes box is way larger than actual model. If that's the case
    you can try<br>
    <br>
    phenix.map_box model.pdb map.mrc<br>
    <br>
    Also, you can do<br>
    <br>
    phenix.map_box model.pdb map.mrc selection="chain A"<br>
    <br>
    that will give you a box with map and selected part of model.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
          <br>
          2. I would like to do a real space refinement after the model
          building. <br>
          Input files:   <br>
              A pdb file I just built up from COOT<br>
              A original MAP file<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    This is all you need for real-space refinement.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
              A transfered MTZ file<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    This is fiction, you don't need it.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
              Two restraint files from two X-ray structures by ProSMART
          (TXT formart)<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Phenix does not recognize ProSMART. You can use Phenix tools to
    generate secondary structure restraints, such as
    phenix.secondary_structure_restraints.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
          The refinement parameters I would like to select in GUI
          interface:<br>
              minimization_global, rigid_body, local_grid_search, adp<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    At 6A resolution you are not going to see sidechains, so no need to
    do local_grid_search.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
              Use secondary structure restraints<br>
              Reference model restraints: use starting model as
          reference, main chain, side chain, fix outliers, secondary
          structure only<br>
              Rotamer restraints<br>
              Ramachandran restraints<br>
              Show per residue<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I'd do a default run first to see what happens.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
          My second set of questions: Should I select the MAP file (~870
          MB) or the MTZ file (~120 MB)? </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    If MTZ file is a FT of the map (full box of reflections, not a
    sphere) then both files (map and mtz) contain exact same
    information, one in real space and the other in reciprocal space.
    I'd use original data (map), not manipulated one (mtz).<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>Is that necessary to add the two restraint files from
          ProSMART if I use the starting model as reference? </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Phenix does not recognize ProSMART.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>Is the refinement parameters selected properly?<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    See above.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
          3. I gave a try by phenix.real_space_refine. An first error
          showed up:<br>
          Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols:
          6840<br>
              "ATOM    184  HG1 SER 1  12 .*.     H  "<br>
              "ATOM    458  HG1 SER 1  30 .*.     H  "<br>
              "ATOM    699  HG1 SER 1  45 .*.     H  "<br>
              "ATOM    720  HG1 SER 1  47 .*.     H  "<br>
              "ATOM    762  HG1 SER 1  50 .*.     H  "<br>
              "ATOM   1241  HG1 SER 1  81 .*.     H  "<br>
              "ATOM   1465  HG1 SER 1  95 .*.     H  "<br>
              "ATOM   1747  HG1 SER 1 113 .*.     H  "<br>
              "ATOM   1758  HG1 SER 1 114 .*.     H  "<br>
              "ATOM   2173  HG1 SER 1 141 .*.     H  "<br>
              ... (remaining 6830 not shown)</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Looks like PDB file is bad. Serine residue does not have HG1, it
    should be HG. Get rid of H by using<br>
    <br>
    phenix.reduce model.pdb -trim &gt; model-no-h.pdb <br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
        </div>
        <div>I tried phenix.ready_set to fix this problem according to a
          previous discussion but it gave me another error: ENDMDL
          record missing at end of input.<br>
          Thus my third question will be how to fix the first error?<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Looks like your file contains several models (MODEL-ENDMDL). This is
    not supported. Convert it into multi-chain model:<br>
    <br>
    phenix.models_as_chains model.pdb<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:DM5PR03MB26981156FD442C54425E6C76A79E0@DM5PR03MB2698.namprd03.prod.outlook.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <div>
          Thank you for patience! I would really appreciate your help!</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    You are welcome! Let us know should you have any more questions or
    need help!<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>