<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">Dear Vincent,<div class=""><br class=""></div><div class="">What is stored in the database for the partial solution is the name of the ensemble(s) already placed, and the manipulations applied to them (rotation, translation, potentially B-factor). &nbsp;However, the coordinates are not stored, and what is expected in a subsequent search is that you will provide the same ensemble definition(s) for the component(s) already placed.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Defining what has been placed already as a new ensemble and calling that a fixed partial solution is an alternative (but, in my opinion somewhat less convenient) way of doing the same thing, but then you shouldn't select the option to use a partial solution from a previous job.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I hope that helps!</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Randy Read</div><div class=""><br class=""><div><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 5 Oct 2017, at 12:55, vincent Chaptal &lt;<a href="mailto:vincent.chaptal@ibcp.fr" class="">vincent.chaptal@ibcp.fr</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><font size="+1" style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><tt class="">Dear everyone,<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class=""><br class="">this sounds trivial but I somehow can't make it work so I would appreciate any pointer.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class=""><br class="">I have placed a component using phaser and would like to expand my search using this<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></tt></font><font size="+1" style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><tt class="">already<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></tt></font><font size="+1" style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><tt class="">placed component as partial solution.<br class="">I open the full-featured interface of phaser in the GUI and select the box "Use partial solution from previous job" and select the job (nothing seems to happen there).<br class="">I define my ensembles with ensemble_1 as "fixed partial solution" and ensemble_2 the one to search for.&nbsp; I then get the error message that "ense_1 from previous job is not specified on the current ensemble tab".<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class=""><br class="">Using the info button I see that "It is best to do this by modifying the configuration of the GUI from the previous Phaser run instead of starting from scratch, because the stored solutions do not contain the definitions of the search ensembles"<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class=""><br class="">but I don't understand what is asked for me to do here. When I restore the previous job, I can't see how I can start a new search from there.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class=""><br class="">Any help would be greatly appreciated.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class="">Thanks<br class="">Vincent<br class=""><br class="">I'm using phenix 1.12-2829.<br class=""><br class=""><br class=""></tt></font><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class=""></span><div class="moz-signature" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);">--<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br class=""><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;">Vincent Chaptal, PhD</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;">Institut de Biologie et Chimie des Protéines</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;">Drug Resistance and Membrane Proteins Laboratory</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;">7 passage du Vercors<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;">69007 LYON</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;">FRANCE</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;">+33 4 37 65 29 01</span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;"><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ibcp.fr/">http://www.ibcp.fr</a></span></div><div style="margin: 0px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-family: Helvetica; -webkit-text-stroke-width: initial; -webkit-text-stroke-color: rgb(0, 0, 0);" class=""><span class="s1" style="-webkit-font-kerning: none;"><br class=""></span></div></div><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class="">_______________________________________________</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class="">phenixbb mailing list</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">phenixbb@phenix-online.org</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class=""><span style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); float: none; display: inline !important;" class="">Unsubscribe:<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span><a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);" class="">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></div></blockquote></div><br class=""><div class="">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div class="">------</div><div class="">Randy J. Read</div><div class="">Department of Haematology, University of Cambridge</div><div class="">Cambridge Institute for Medical Research &nbsp; &nbsp; &nbsp;Tel: + 44 1223 336500</div><div class="">Wellcome Trust/MRC Building &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Fax: + 44 1223 336827</div><div class="">Hills Road &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;E-mail: <a href="mailto:rjr27@cam.ac.uk" class="">rjr27@cam.ac.uk</a></div><div class="">Cambridge CB2 0XY, U.K. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www-structmed.cimr.cam.ac.uk" class="">www-structmed.cimr.cam.ac.uk</a></div></span></span>
</div>
<br class=""></div></body></html>