<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Eric,<br>
    <br>
    I'm sorry it is slow, or slower than you expect. I'm sure
    technically it can run up to 10 seconds max per largest structure in
    PDB, as advertised in <br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://journals.iucr.org/d/issues/2013/04/00/dz5273/dz5273.pdf">http://journals.iucr.org/d/issues/2013/04/00/dz5273/dz5273.pdf</a><br>
    <br>
    if corresponding code is appropriately refactored (making most use
    of above paper); plus time taken by phenix.molprobity. <br>
    <br>
    Unfortunately, I'm away till October 26, and then will be at the
    workshop till November 6th. <br>
    <br>
    Others from the team (Dorothee, Oleg, Nigel, Billy, Vincent, Chris?)
    are encouraged to feel free to volunteer to address obvious runtime
    bottlenecks in this code.<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 10/15/17 04:35, Eric Williams wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CANZF9CVzUCb-6utHeBk+D4yJ_XHoS4hq17T=OKh0TdJwyF35eg@mail.gmail.com">
      <div dir="auto">
        <div style="font-family:sans-serif;font-size:13.696px"
          dir="auto">
          <div style="margin:16px 0px">
            <div dir="ltr">I'm having a devil of a time getting
              model_vs_data to run in a timely fashion. Running the
              latest stable Linux build on Ubuntu 14.04 takes on the
              order of 3 minutes per structure. That wouldn't be so bad
              if I weren't trying to run it on every entry in the PDB.
              Is it just a limitation of Python? SFCheck, which I think
              is written mostly in FORTRAN, runs in a few seconds. Any
              help anyone could offer would be appreciated. Thanks. :)</div>
            <div dir="ltr"><font color="#888888"><br>
              </font></div>
            <div dir="ltr"><font color="#888888">Eric</font><br>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>