
<html>

  <head>

    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;

      charset=windows-1255">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    Hi Boaz,<br>

    <br>

    <blockquote type="cite"

cite="mid:4B2A491F685D1E4FBBF985E193095AAF012F4E608E@hawk3.auth.ad.bgu.ac.il">

      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;

        charset=windows-1255">

      <style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>

      <div style="direction: ltr;font-family: Arial;color:

        #0000FF;font-size: 10pt;"><font size="2" face="Times New Roman">Perhaps

          I'm doing something wrong but� it seems as if I follow the

          instructions correctly. To write cif files (data and� model)

          in the final refinement run I tick the correct boxes in the

          output box of the gui. I can see in the final.eff that this

          was accepted. However the data cif file contains only the

          model derived quantities and not the original Fobs, sigFobs

          etc. as they are on incoming mtz file. In the next stage, as

          you propose,�mmtbx.prepare_pdb_deposition routine expects

          those quantities (i.e. Fobs etc.). I'm running the nightly

          build 2919. Am I doing something wrong? I'd appreciate your

          advice.</font></div>

    </blockquote>

    <br>

    first, you should tick two boxes: "Write final refined model into

    mmCIF file" and "Write Fobs, Fmodel and R-free-flags into mmCIF

    file". Then after refinement you should get two CIF files

    *_refine_*.cif (refined model) and *_refine_*.reflections.cif

    (reflections).<br>

    <br>

    CIF with reflections contains these fields:<br>

    <br>

    loop_<br>

    � _refln.index_h<br>

    � _refln.index_k<br>

    � _refln.index_l<br>

    � _refln.F_meas_au<br>

    � _refln.F_meas_sigma_au<br>

    � _refln.pdbx_FWT<br>

    � _refln.pdbx_PHWT<br>

    � _refln.pdbx_DELFWT<br>

    � _refln.pdbx_DELPHWT<br>

    � _refln.pdbx_r_free_flag<br>

    � _refln.status<br>

    � _refln.pdbx_F_calc_with_solvent<br>

    � _refln.pdbx_phase_calc_with_solvent<br>

    <br>

    where F_meas_au is a name for Fobs (clearly, a weird way to name

    Fobs, not sure who invented it!).<br>

    <br>

    This is what I get myself using the latest code. Is it different for

    you?<br>

    <br>

    mmtbx.prepare_pdb_deposition seems to broken: I just ran a sample

    example where I asked to output model and reflection CIFs, and then

    supplied them to mmtbx.prepare_pdb_deposition and it crashed. Also,

    it crashes if I give it PDB and MTZ from refinement.<br>

    <br>

    Pavel<br>

    <br>

  </body>

</html>