<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi All, <br>
    <br>
    just in case somebody else had similar problems: it seems that using
    a recent Phenix version 1.13rc1 (2954) fixes the
    max_reasonable_bond_distance issue (at least in the reported by Ruki
    cases).<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 11/14/17 13:16, Rune Thomas Kidmose
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite" cite="mid:1510694211865.9257@mbg.au.dk">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none"><!-- p { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; }--></style>
      <p>Hi Again Pavel,<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>I should add that this (see download link for PDB file)�is how
        the the same PDB file (last_frame.pdb from last email)�looks
        when I have put it through phenix.RSR<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>PDB:�<a
          href="https://www.dropbox.com/s/ectbydhsh1fx7dh/last_frame_rsr.pdb?dl=0"
          moz-do-not-send="true">https://www.dropbox.com/s/ectbydhsh1fx7dh/last_frame_rsr.pdb?dl=0</a><br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>The protein part of the model�behaves really well, as I
        normally see when using phenix.RSR, however�the DNA seems
        to�move much more random, almost uncoiling.<br>
      </p>
      <p><br>
      </p>
      <p>This is why I stated that the quality of the refinement seemed
        to suffer from the increase max bond distance. B<span
          style="font-size: 12pt;">ut again, I am using phenix dev-</span><span
          style="font-size: 12pt;">2614 so maybe that has something to
          do with it.</span></p>
      <p><span style="font-size: 12pt;"><br>
        </span></p>
      <p><span style="font-size: 12pt;">Cheers</span></p>
      <p><span style="font-size: 12pt;">Ruki</span></p>
      <p><span style="font-size: 12pt;"><br>
        </span></p>
      <p><span style="font-size: 12pt;"><br>
        </span></p>
      <p><br>
      </p>
      <div style="color: rgb(33, 33, 33);">
        <hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
        <div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt"
            face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>Fra:</b> Pavel
            Afonine <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:pafonine@lbl.gov">&lt;pafonine@lbl.gov&gt;</a><br>
            <b>Sendt:</b> 14. november 2017 16:20<br>
            <b>Til:</b> Rune Thomas Kidmose; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
            <b>Emne:</b> Re: [phenixbb] Max_reasonble_bond_distance
            error in phene.resl.space.refine</font>
          <div>�</div>
        </div>
        <div>Hi Ruki,<br>
          <br>
          <blockquote type="cite">
            <style type="text/css" style="">
<!--
p
        {margin-top:0px;
        margin-bottom:0px}
-->
</style>
            <p>I have been playing around with phenix.real.space.refine
              as part of a small pipeline I am making for EM structures.<br>
            </p>
            <p><br>
            </p>
            <p>Testing various deposited EM�structures and their
              corresponding maps,�within�my pipeline, I sometimes run�in
              to the below error:<br>
            </p>
            <p><br>
            </p>
            <p>RuntimeError: Bond distance &gt;
              max_reasonable_bond_distance: 79.8663 &gt; 50:<br>
            </p>
          </blockquote>
          <br>
          I'm trying to chase this down and eliminate. So if you come
          across a case that can be reproduced please send it to me and
          I will start from there.<br>
          <br>
          For now simply set "max_reasonable_bond_distance=999" for all
          your refinements that will mask but not fix the problem.
          However, this should not affect the refinement results.<br>
          <br>
          Make sure you are using the latest Phenix version.<br>
          <br>
          <blockquote type="cite">
            <p>Followed by a list of distances between, what I am
              assuming is, atom numbers and the actual distance.<br>
            </p>
            <p><br>
            </p>
            <p>I can get past it simply�by changing
              the�max_reasonable_bond_distance�for the run�to, in this
              case, 80.<br>
            </p>
          </blockquote>
          <br>
          This happens because the procedure optimizes weights by trying
          a large sample of possible weight values. For some values
          restraints may be too weak and atoms run one onto another,
          thus creating a huge clash and strong repulsion that stretches
          the bond. This leads to the crash.<br>
          <br>
          <blockquote type="cite">
            <p>But I tend to see, that the final�results gets
              significantly�worse when I use this bypass.<br>
            </p>
            <p>This is based on very similar�models going through the
              pipeline, where the ones which yields the error, scores
              much worse�when using the above mentioned bypass, compared
              to the models that showed no
              max_reasonable_distance_error.
              <br>
            </p>
          </blockquote>
          <br>
          Again, I'm very keep to investigate concrete reproducible
          cases. So if you have anything to share that would be most
          helpful!<br>
          <br>
          <blockquote type="cite">
            B: Any ide what I can do, to avoid�running�into this bond
            distance�problem?<br>
          </blockquote>
          <br>
          I'd say help us to identify the issue so that we fix it and
          then you don't run into it any more.<br>
          <br>
          All the best,<br>
          Pavel<br>
          <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>