<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
To put this in context:
<div>I originally wrote that page when phenix.refine used a |F|&gt;0 cutoff in refinement. &nbsp;Given that I&lt;0 often results in |F|=0 after the conversion the program threw out data for which we knew something (i.e. it was weak) albeit imprecisely. &nbsp;That was a self-evidently
 bad idea. &nbsp;However the defaults in phenix.refine have changed and as Ed Berry observes it does emulate CCP4's TRUNCATE now (in &quot;truncate yes&quot; mode, probably).</div>
<div><br>
</div>
<div>I convert my data with CCP4's TRUNCATE or CTRUNCATE programs. &nbsp;For strong data I don't apply the French and Wilson intensity data remapping. &nbsp;For weak data I do - but only for refinement purposes, not for SAD/MAD phasing. &nbsp;My standard ploy is to use CAD
 to strip out Imean and SigImean from the MTZ file so that phenix.refine cannot attempt to &quot;outsmart&quot; me again. &nbsp;And by outsmart I really mean &quot;usurp my intentions&quot;. &nbsp;I would suggest that everyone do the same - or at least test the difference. &nbsp;My known bias
 is to trust CCP4 programs more.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers<br>
Phil Jeffrey</div>
<div>Princeton<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF373044" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Xiao Lei [xiaoleiusc@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> Saturday, December 02, 2017 9:05 PM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Is it harmful to to use Imean SigImean in Phenix Refine by default?<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">Dear All,
<div><br>
</div>
<div>I noticed Phenix refine default settings are using data labels &quot;Imean&quot; and &quot;SigImean&quot; instead of F and SigF. I searched this on the internet and found a post that titled &quot;Phenix.refine Defaults Considered Harmful&quot; ( web link&nbsp;
<a href="http://xray0.princeton.edu/~phil/Facility/phenix_fubar.html" target="_blank">
http://xray0.princeton.edu/~phil/Facility/phenix_fubar.html</a> ). One point in this post shows that &quot;the first thing the program does is ignore that structure factor data and use the IMEAN data instead.&quot;&nbsp; This may force rejecting weak data according to the
 post.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>The latest Phenix version may be updated from the version the post author used, I wonder if this risk is still in the newest version of Phenix ?</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>