<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Wolfram,<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAGjFzmBUCUCZUgHjF8tX3omHzO28Sn6stkDNNOzyq0kvrH88bA@mail.gmail.com">
      <div dir="ltr">
        <div class="markdown-here-wrapper" style="">
          <p style="margin:1.2em 0px!important">Hello all,<br>
            the <a
              href="https://www.phenix-online.org/documentation/faqs/refine.html">documentation</a>
            states that</p>
          <blockquote style="margin:1.2em 0px;border-left:4px solid
            rgb(221,221,221);padding:0px
            1em;color:rgb(119,119,119);quotes:none">
            <p style="margin:1.2em 0px!important">This is somewhat
              controversial, but absolute upper limits for a
              well-refined protein structure at high resolution are
              typically 0.02 for RMS(bonds) and 2.0 for RMS(angles);
              usually they will be significantly lower.</p>
          </blockquote>
          <p style="margin:1.2em 0px!important">I understand that
            exceedingly high RMSDs from ideal could indicate
            overfitting.<br>
            On the other hand, local deviations from ideal geometry may
            point to correctable modeling errors, and I am concerned
            that overly tight restraints may cause that diagnostic tool
            to become less sensitive, or local errors to be spread in to
            the model.<br>
          </p>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Do you have an example? I've heard this many times but so far nobody
    could show me a convincing example that demonstrates how tighter
    bond/angle restraints mask "other problems". <br>
    Also, looking at just bond/angles rmsds from ideal library values
    isn't comprehensive and may indeed lead to some problems being
    overlooked. Using all arsenal of validation tools, global and local,
    should find most problems.
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAGjFzmBUCUCZUgHjF8tX3omHzO28Sn6stkDNNOzyq0kvrH88bA@mail.gmail.com">
      <div dir="ltr">
        <div class="markdown-here-wrapper" style="">
          <p style="margin:1.2em 0px!important">For what bond and angle
            rms deviations from ideal do my colleagues on the BB aim and
            how have they arrived at those targets? <br>
          </p>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    See Jaskolski et al., 2007; Wlodawer et al., 2008; Stec, 2007;
    Tickle, 2007; Karplus et al., 2008 and references inside.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>