<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Engin,<br>
    <br>
    thanks for feedback!<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:08bcc65f-8318-6642-a3af-87ea7cce26fe@uchicago.edu">There
      is one complication that arises from the report of the
      MIN(FOBS/SIGMA_FOBS) value in pdb files from phenix.refine. Nearly
      every PDB entry using phenix.refine reports a F/sig(F) cutoff
      value of 1.3x, </blockquote>
    <br>
    As I eluded yesterday, this is not a cutoff but a reported fact
    about your data. No data is removed or otherwise manipulated related
    to this number. <br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:08bcc65f-8318-6642-a3af-87ea7cce26fe@uchicago.edu">while
      Buster and Refmac-generated pdbs have 0 or -/None for that value
      (just checked again with this week's released PDBs). This is
      clearly not intended. Again, the value the Protein Data Bank is
      reporting is a cutoff, based on the minimum value phenix.refine
      appears to report. Since I use French-Wilson for I to F
      conversions, I have had to correct this cutoff value by
      communicating with PDB with every deposition, but it appears that
      most users rarely go through the trouble.
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    REMARK 3 records are free format. It's up to program authors to
    choose what to print there.<br>
    <br>
    Nowhere in the record in question produced by phenix.refine is said
    "cutoff":<br>
    <pre style="color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; word-wrap: break-word; white-space: pre-wrap;">REMARK   3   MIN(FOBS/SIGMA_FOBS)              : 1.380                          
</pre>
    Refmac and Buster print:<br>
    <pre style="color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial; word-wrap: break-word; white-space: pre-wrap;">REMARK   3   DATA CUTOFF            (SIGMA(F)) : 0.000                          
</pre>
    which clearly says "cutoff".<br>
    <br>
    So I guess we are fine as long as there is no wishful thinking
    involved and people carefully read what's written!<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
      cite="mid:08bcc65f-8318-6642-a3af-87ea7cce26fe@uchicago.edu">
      The issue seems to arise from a lack of a cutoff value in the
      phenix.refine generated .pdb files; Refmac has a DATA CUTOFF
      (SIGMA(F)) (set to NONE by default), which is picked up during
      structure deposition. So, either PDB has to be told that
      phenix.refine min value is just a minumum value and not a cutoff,
      or phenix.refine might add another REMARK card for DATA CUTOFF
      (SIGMA(F)) under the DATA USED IN REFINEMENT. section in REMARKS.<br>
    </blockquote>
    <br>
    Sure, we can add "cutoff"record if you think it is helpful.<br>
    <br>
    In general, there are way more facts to reports about the data than
    this single number. As long as people deposit 1) data actually used
    in refinement (that may be truncated by sigma, resolution, automated
    outlier rejection, Iobs converted to Fobs, anomalous F+/- converted
    to non-anomalous Imean, etc) and 2) original data (not manipulated
    in any way), and as long as PDB actually accepts these data, then
    all should be fine. Note: phenix.refine always outputs MTZ
    containing the original input data and data actually used in
    refinement.<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>