<div dir="ltr"><div>Thank you for the hints, Pavel.</div><div>ideal O3&#39;-C3&#39; bond in *geo is 1.422, which interestingly matches C3*-O3* in `modules/chem_data/geostd/t/data_TD.cif`.<div>`elbow.where_is_that_cif_file DT` pointed me to `${CLIB}/data/monomers/d/DT.cif`, where O3&#39;-C3&#39; is (now, but may be not at time of *geo generation) 1.431.</div><div>How does phenix resolve which ideal values to use in the TD example?</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>W.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 10, 2018 at 3:47 PM, Pavel Afonine <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Wolfram,<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
how/where (in the PHENIX installation tree?) can one look up target values (effective during restrained refinement in PHENIX) for specific bond lengths and angles of monomers like amino acids or nucleosides?<br>
</blockquote>
<br>
If you know three-letter code:<br>
<br>
elbow.where_is_that_cif_file ATP<br>
<br>
or simply look at the file content directly in<br>
<br>
chem_data/mon_lib/<br>
or in<br>
chem_data/geostd<br>
<br>
or<br>
<br>
inspect *.geo file (always created in refinemetn) that lists all restraints used in refinement.<span class="gmail-m_6138416856847949456gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Pavel<br>
<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div></div>