<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Tom,<br><br></div>Interesting approach. I agree that providing the sequence gives a more accurate volume estimation. May I suggest that alternatively the user could provide the MW and from that the volume could be estimated? This is how it&#39;s done in FREALIGN to calculate a volume-normalized FSC (Single-Particle Wiener filter).<br><br></div>ps: I just ran the local sharpening with default parameters, providing the actual sequence and number of ncs_copies for my protein. It didn&#39;t take long but my volume is small (96x96x96), however it seems to be very over-sharpened in this particular case. The global sharpening on the other hand looks really nice!<br><br></div>Thank you very much for the help.<br><br></div>Best wishes,<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Ricardo Diogo Righetto<br></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2018-01-18 22:16 GMT+01:00 Tom Terwilliger <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsortium.org</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ricardo,<div><br><div>Yes, perfectly good question. The sequence is to guess the fraction of volume occupied by the molecule. That in turn is used to try and segment the map and figure out where the important parts of the map are located.  Those are where local sharpening is done.</div><div><br></div><div>I should note that in my experience local sharpening in auto_sharpen only occasionally helps beyond global sharpening and just takes a long time...</div></div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 18, 2018 at 1:59 PM, Ricardo Righetto <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ricardorighetto@gmail.com" target="_blank">ricardorighetto@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>OK Tom, thanks a lot for the very quick reply! I&#39;ll try that.<br></div><div><br></div><div>But now I&#39;d like to understand - why is the sequence file necessary at all? I thought the local sharpening approach just did the same as the global sharpening, only sliding a small box throughout the volume. It seems then that this is not the case?</div><div><br></div><div>Best wishes,<br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-4248191594701647486m_-3412704784877005485gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Ricardo Diogo Righetto<br></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2018-01-18 21:53 GMT+01:00 Tom Terwilliger <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsort<wbr>ium.org</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ricardo,<div><br></div><div>I&#39;m sorry, yes you do have to supply a sequence file for local sharpening.  I will fix the documentation.  If you want you can just put in a dummy sequence and supply a value for &quot;solvent_content=xxx&quot; and that will accomplish the same thing.</div><div><br></div><div>Let me know if that doesn&#39;t do it!</div><div>all the best,</div><div>Tom T</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_-4248191594701647486m_-3412704784877005485h5">On Thu, Jan 18, 2018 at 1:42 PM, Ricardo Righetto <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ricardorighetto@gmail.com" target="_blank">ricardorighetto@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="m_-4248191594701647486m_-3412704784877005485h5"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br><br></div>I am trying to do local sharpening with phenix.auto_sharpen, with the following command:<br><br><span style="font-family:monospace,monospace">phenix.auto_sharpen map.mrc resolution=4.0 local_sharpening=True</span><br><br></div>Then it runs the global sharpening first as expected, but when it gets to the local sharpening it crashes with the following error:<br><span style="font-family:monospace,monospace"><br>Sorry: Please specify a sequence file with seq_file=myseq.seq</span><br><br></div>Nowhere it says that I would need a .seq file in order to do local sharpening (global sharpening works fine). Any ideas?</div><div><br></div><div>Thanks,<span class="m_-4248191594701647486HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"></font></span></div><span class="m_-4248191594701647486HOEnZb"><font color="#888888"><div><div><div><div><div><div><div class="m_-4248191594701647486m_-3412704784877005485m_386680845268507433m_3167501936540962461gmail_signature"><br>--<br>Ricardo Diogo Righetto<br></div></div>
</div></div></div></div></div></font></span></div><span class="m_-4248191594701647486HOEnZb"><font color="#888888">
<br></font></span></div></div><span class="m_-4248191594701647486HOEnZb"><font color="#888888">______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/mailm<wbr>an/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.o<wbr>rg</a><span class="m_-4248191594701647486m_-3412704784877005485HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></font></span></blockquote></div><span class="m_-4248191594701647486HOEnZb"><font color="#888888"><span class="m_-4248191594701647486m_-3412704784877005485HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_-4248191594701647486m_-3412704784877005485m_386680845268507433gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div><a href="https://maps.google.com/?q=100+Entrada+Dr,+Los+Alamos,+NM+87544&amp;entry=gmail&amp;source=g" target="_blank">100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</a></div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsorti<wbr>um.org</a></div><div>Tel: <a href="tel:(505)%20431-0033" value="+15054310033" target="_blank">505-431-0033</a></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</font></span></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_-4248191594701647486gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div><a href="https://maps.google.com/?q=100+Entrada+Dr,+Los+Alamos,+NM+87544&amp;entry=gmail&amp;source=g">100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</a></div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@<wbr>newmexicoconsortium.org</a></div><div>Tel: 505-431-0033</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</div></div></blockquote></div><br></div>