<div dir="ltr">Hi Main-Chee,<div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>The ligand that I am adding is a malonate, and the 3-letter chemical code is MLI. I add the ligand using Coot and it fit perfectly into the electron density map.</div></div></blockquote><div> </div><div>I suspect this is when you ended up with a model with two oxygens sitting on top of each other. Since you already identified oxygens in question it would be easy to check if Coot introduced them before you run any Phenix program. In this case I would address this question to Coot developers.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Oleg Sobolev. </div><div> </div></div></div></div>