<div dir="ltr">Hi Ricardo,<div><br></div><div>If you are using phenix.auto_sharpen with just a map and resolution as inputs, then it will (by default) apply an overall sharpening B-factor up to the resolution limit you supply, and then a blurring B-factor beyond that.  This means that any filtering applied to the input map will make a difference.  I haven&#39;t tested systematically, but my guess is that the better the map you start with with the better the map you&#39;ll get. So I would recommend starting with the weighted map as in Rosenthal and Henderson.  In this case phenix.auto_sharpen will basically be identifying the overall sharpening that optimizes the clarity and connectivity of the map.</div><div><br></div><div>If you sharpen using a model, then a different sharpening is applied at each resolution (basically as in Rosenthal and Henderson, but based on the match between model and map, not between two half-maps), so the starting map should make only a small difference.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Tom T</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 24, 2018 at 6:00 AM, Ricardo Righetto <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ricardorighetto@gmail.com" target="_blank">ricardorighetto@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,<br><br>So far I have liked very much the results of phenix.auto_sharpen, but one thing is not yet clear to me: how does it expect the input map to be filtered?<br><br></div><div>Would be something like:<br><br></div><div>a) Unsharpened, unfiltered map (e.g. the simple average of the half-maps)<br></div><div>b) Unsharpened, SSNR-weighted (Cref) (Rosenthal &amp; Henderson, JMB 2003)<br></div><div>c) Doesn&#39;t matter / other?<br><br></div><div>Thanks in advance!<br><br></div><div>Best wishes,<br></div><div><br clear="all"></div><div><div><div><div><div class="m_-2405651259585942919gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br>--<br>Ricardo Diogo Righetto<br></div></div>
</div></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" rel="noreferrer" target="_blank">http://phenix-online.org/<wbr>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org">phenixbb-leave@phenix-online.<wbr>org</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thomas C Terwilliger<div>Laboratory Fellow, Los Alamos National Laboratory</div><div>Senior Scientist, New Mexico Consortium</div><div>100 Entrada Dr, Los Alamos, NM 87544</div><div>Email: <a href="mailto:tterwilliger@newmexicoconsortium.org" target="_blank">tterwilliger@newmexicoconsortium.org</a></div><div>Tel: 505-431-0033</div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>