<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Matthew,<br>
    <br>
    could you please send me PDB file before and after refinement
    (please make sure not to send files to the entire phenixbb) and the
    data file? I'd like to reproduce and investigate this. Then I'll see
    what's best to do in this case..<br>
    <br>
    Thanks,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 1/26/18 10:00, Whitley, Matthew J
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:BLUPR0401MB1668DCCB74FD2DD911A90938F8E00@BLUPR0401MB1668.namprd04.prod.outlook.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Hello all,</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">I am currently refining
          a structure using Phenix 1.13-2998.� Present in this structure
          is a diphosphate-containing ligand.� In the protein chain
          surrounding the binding site, there is an arginine side chain
          that points generally toward the diphosphate group, but I
          cannot define the specific location of the side chain because
          the side chain density is very poor.� The density for the
          ligand is unambiguous. �Upon refinement, Phenix places the Arg
          side chain so close to the ligand that it draws a covalent
          bond between the two, and the post-refinement PDB file
          contains a LINK record for this bond.� In reality, the two are
          not covalently connected, and ideally Phenix would find a
          conformation for this side chain that is outside of covalent
          bonding distance.� I have tried refining after manually moving
          the side-chain to a non-clashing position multiple times, but
          in every case the output PDB contains a LINK for a covalent
          bond between ligand and side chain.</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">My question: How can I
          tell Phenix NOT to allow these atoms to come with covalent
          bonding distance?� Is there some kind of "anti-LINK"
          information I can feed it that will force phenix.refine to
          select some other conformation for the side chain?<br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Thanks for your advice.</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Sincerely,</p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0">Matthew Whitley<br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <p style="margin-top:0;margin-bottom:0"><br>
        </p>
        <div id="Signature">
          <div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:
            12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family:
            Calibri,Helvetica,sans-serif,&quot;EmojiFont&quot;,&quot;Apple
            Color Emoji&quot;,&quot;Segoe UI
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            <div name="divtagdefaultwrapper"
              style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;
              font-size:; margin:0">
              ---
              <div>Matthew J. Whitley, Ph.D.</div>
              <div>Research Instructor</div>
              <div>Department of Pharmacology &amp; Chemical Biology</div>
              <div>University of Pittsburgh School of Medicine</div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
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    <br>
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