<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Hi,<div class=""><br class=""></div><div class="">I’m trying to run phenix.auto_sharpen with local sharpening, because I have an EM map that has a reasonably substantial variation in local resolution. This is the command I used:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">phenix.auto_sharpen cryosparc_exp001049_008.mrc resolution=3.26 local_sharpening=true local_aniso_in_local_sharpening=true model.pdb nproc=4 seq_file=seq.fasta &gt;&amp; log &amp;</div><div class=""><br class=""></div><div class="">The resulting map looks beautiful (maybe a little too beautiful??) around the model, but shows some funky looking masking artifacts in the density further away from the model (in the micelle region) - see screenshot. Am I doing something wrong? And can I trust that the density is completely free of model bias?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Cheers</div><div class="">Oli</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><img apple-inline="yes" id="0CC0E016-4BB2-4B39-8984-76A41FD97B83" width="320" height="218" src="cid:02BA5095-8F51-44D1-B78D-02643F5600EC" class=""></div></body></html>