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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Model two conformations?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">JPK<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;">&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;">Jacob Pearson Keller<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;">Research Scientist / Looger Lab<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;">HHMI Janelia Research Campus<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;;color:#222222;background:white">19700 Helix Dr, Ashburn, VA 20147</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;;color:#222222;background:white">Desk: (571)209-4000 x3159<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;;color:#222222;background:white">Cell: (301)592-7004<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;;color:#222222;background:white">&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;&#43;</span><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:&quot;Courier New&quot;;color:#222222;background:white">The content of this email is confidential and intended for the recipient specified in message only. It is strictly forbidden to share any part of this message with any
 third party, without a written consent of the sender. If you received this message by mistake, please reply to this message and follow with its deletion, so that we can ensure such a mistake does not occur in the future.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org]
<b>On Behalf Of </b>Aaron Oakley<br>
<b>Sent:</b> Thursday, February 1, 2018 4:37 AM<br>
<b>To:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] side-chain on special position.<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hello fellow &nbsp;Phenix-ers, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have a structure I am trying to finish in Phenix.refine<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The is one problem: a glutamate residue sitting on a crystallography 2-fold axis<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">with partial occupancy (picture attached). This residue and its symmetry mate appear to take turns sitting<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">at this position: filling the density leads to severe collision with its symmetry mate.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Building the side-chain with occupancy 0.5 doesn’t seem to help, as the residue is pushed<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">out of density during refinement.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Any work-arounds?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks all,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Aaron<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><img width="486" height="480" style="width:5.0625in;height:5.0in" id="_x0034_6F39796-9CBF-42C3-BE1D-1107FC78D904" src="cid:image001.png@01D39B7E.38A5C950"><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
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