<P>Dear all </P>
<P>&nbsp;&nbsp; I am refining a structure which has cis-Pro and trans-Pro, the tans-Pro is gone when I set the "threshold degrees for cis-peptide " from default 45 to 65, but still has cis-Pro. While no significant change when I set it to 15. My question is how to set in phenix refinement in phenix GUI to clear the Pro residues in cis- or trans- conformations.</P>
<P>Best Regards </P>
<P>shijun &nbsp;</P>
<SCRIPT type="text/javascript">
        var iframeId = null;  //会话模式下才带frid参数

        var isViewMail = 'true';

        function calcPageHeight(doc) {
            var cHeight = Math.max(doc.body.clientHeight, doc.documentElement.clientHeight);
            var sHeight = Math.max(doc.body.scrollHeight, doc.documentElement.scrollHeight);
            var csHeight  = Math.max(cHeight, sHeight);
            return csHeight;
        }

        var host = location.hostname,
                protocol = location.protocol,
                port = location.port;
        var origin = protocol + '//' + host + (port ? ':' + port : '');

        window.onload = function() {
            var _body = document.getElementsByTagName('body')[0];
            var _mailIframeHeight = parseInt(calcPageHeight(document) + 10);

            var _a = document.getElementsByTagName("a");
            for(var k = 0; k < _a.length; k++) {
                if (isViewMail) {
                    _a[k].onclick = function() {
                        if (parent.postMessage) { parent.postMessage('{"openLink":"' + this.href + '"}', origin);}
                        return false;
                    }
                } else {
                    _a[k].target = "_blank";
                }
            }

            document.onclick = function() {
                if (parent.postMessage) { parent.postMessage('{"hideMenu":"true"}', origin);}
            };

            if (iframeId) {
                insertQuoteTip(_mailIframeHeight);
            } else {
                if (parent.postMessage) { parent.postMessage('{"iHeight":"' + _mailIframeHeight + '"}', origin);}
            }

        };

        //会话模式
        function insertQuoteTip(_mailIframeHeight) {
            var $quote = jQ('blockquote.ReferenceQuote').length > 0
                    ? jQ('blockquote.ReferenceQuote:first')
                    : jQ('blockquote[name=replyContent]:first');

            if ($quote.length == 0) {
                if (parent.postMessage) { parent.postMessage('{"iHeight":"' + _mailIframeHeight + '","iframeId":"' + iframeId + '"}', origin);}
                return;
            }

            $quote.show();

            var $from = jQ("span#rc_from", document);
            var $senttime = jQ("span#rc_senttime", document);

            if($from.length > 0 && $senttime.length > 0){
                var $tipHeader = jQ('<div></div>');
                $tipHeader.css({'marginBottom': '9px', 'marginTop': '33px'});
                $tipHeader.html(top.gLang.read.reply["quoteInfo"].replace("{senttime}",$senttime.html()).replace("{from}",$from.html()));
                $tipHeader.insertBefore($quote);
            }

            var $tip = jQ("<div></div>");
            $tip.css({'fontSize': '12px', 'cursor': 'pointer', 'display': 'inline', 'color': '#799caf'});
            jQ($tip).hover(function() {
                jQ(this).css("background","#e0e5e7");
            },function (){
                jQ(this).css("background","#ffffff");
            });

            $tip.click(function() {
                toggleQuote(jQ(this), $quote)
            });
            $tip.insertBefore($quote);

            function toggleQuote($tip, $quote) {
                if (!jQ.browser.msie || (jQ.browser.msie && parseInt(jQ.browser.version) > 8)) {
                    context.$iframe.css('height','10px');
                }

                var aHeight;
                var bHeight;
                if (!$quote.is(':visible')) {
                    $quote.show();
                    aHeight = document.documentElement.scrollHeight;
                    bHeight = document.body.scrollHeight;
                    if (parent.postMessage) { parent.postMessage('{"iHeight":"' + Math.max(aHeight, bHeight) + '","iframeId":"' + iframeId + '"}', origin);}
                } else {
                    $quote.hide();
                    aHeight = document.documentElement.scrollHeight;
                    bHeight = document.body.scrollHeight;
                    if (parent.postMessage) { parent.postMessage('{"iHeight":"' + Math.min(aHeight, bHeight) + '","iframeId":"' + iframeId + '"}', origin);}
                }
            }

        }
    </SCRIPT>