<html>
  <head>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=windows-1252">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Tofayel,<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:SIXPR0199MB064941F1F54659544783436BE3D20@SIXPR0199MB0649.apcprd01.prod.exchangelabs.com">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:10pt;color:#000000;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;"
        dir="ltr">I am trying to refine a complete virus pdb structure
        (possessing icosahedral symmetry) in a cryo-EM map using
        phenix.real_space_refine. The run fails complaining "Multi-model
        PDB (with MODEL-ENDMDL) is not supported". So, I followed a
        previous post in phenixbb: <a
href="http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2011-May/017079.html"
          id="LPlnk272827" previewremoved="true" moz-do-not-send="true">
http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2011-May/017079.html</a>
        and merged multiple models into one </div>
    </blockquote>
    <br>
    perhaps the advice you quote above is getting outdated a bit (though
    still valid!). Yes, most Phenix tools can't do much with multi-model
    files. In your case you can convert your multi-model file into a one
    model file where all the models become new chains.<br>
    <br>
    phenix.models_as_chains<br>
    <br>
    should do it for you.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:SIXPR0199MB064941F1F54659544783436BE3D20@SIXPR0199MB0649.apcprd01.prod.exchangelabs.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:10pt;color:#000000;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <p style="margin-bottom: 0in">but faced following problems:
        </p>
        <p style="margin-bottom: 0in"><br>
        </p>
        <p style="margin-bottom: 0in">1. This merged file is unreadable
          in UCSF Chimera.</p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I guess you better talk to Chimera developers unless it is clearly
    fault of Phenix.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:SIXPR0199MB064941F1F54659544783436BE3D20@SIXPR0199MB0649.apcprd01.prod.exchangelabs.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:10pt;color:#000000;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <p style="margin-bottom: 0in">2. The secondary structure
          definition in the PDB file header is not recognizable anymore
          in Phenix.</p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Please send us an example and we will investigate!<br>
    <br>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:SIXPR0199MB064941F1F54659544783436BE3D20@SIXPR0199MB0649.apcprd01.prod.exchangelabs.com">
      <div id="divtagdefaultwrapper"
style="font-size:10pt;color:#000000;font-family:Verdana,Geneva,sans-serif;"
        dir="ltr">
        <p style="margin-bottom: 0in">In my understanding, both the
          problems are arising due to PDB format's inability to handle
          more than 62 chains and 99999 atoms in a file. </p>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    With two-letter chain id and hybrid36 (both are used in Phenix) this
    is not the case, you can have way more chains and atoms. And if you
    go to mmCIF (which is the standard, and also supported in Phenix),
    then these limitations are nonexistent.<br>
    <br>
    Let us know if you have any questions or need help!<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>